В рубрике как это работает у них о том как публикация данных для обучения ИИ и медицинских исследований в США. На портале CDC Data Platform от National Cancer Institute опубликовано более миллиона изображений объёмом более чем 6.7 Петабайт [1] их которых 20 Терабайт (около 30% по числу файлов) являются полностью открытыми, а остальные в режиме регламентированного доступа, предоставляются по запросу после авторизации. Для доступа используется специальное ПО для выгрузки данных. У портала с данными есть открытое API и открытый код [2].
В целом это один из наиболее крупных порталов научных данных, из его особенностей это то что он имеет предметную, а не общетематическую природу и набором данных на нём называется "коллекция" (collection) случаев (case) включающая множество файлов изображений. Это особенность научных порталов в том что для превращения в порталы открытых данных или просто порталы данных в нём имеющиеся тематические понятия приводятся к понятиям набора данных.
Ссылки:
[1] https://portal.gdc.cancer.gov/repository?facetTab=files&files_sort=%5B%7B%22field%22%3A%22file_size%22%2C%22order%22%3A%22desc%22%7D%5D&searchTableTab=files
[2] https://github.com/NCI-GDC/gdc-docs
#opendata #datasets #genomics #cancer #openaccess #data #usa
В целом это один из наиболее крупных порталов научных данных, из его особенностей это то что он имеет предметную, а не общетематическую природу и набором данных на нём называется "коллекция" (collection) случаев (case) включающая множество файлов изображений. Это особенность научных порталов в том что для превращения в порталы открытых данных или просто порталы данных в нём имеющиеся тематические понятия приводятся к понятиям набора данных.
Ссылки:
[1] https://portal.gdc.cancer.gov/repository?facetTab=files&files_sort=%5B%7B%22field%22%3A%22file_size%22%2C%22order%22%3A%22desc%22%7D%5D&searchTableTab=files
[2] https://github.com/NCI-GDC/gdc-docs
#opendata #datasets #genomics #cancer #openaccess #data #usa
В рубрике как это работает у них реестр исследовательской инфраструктуры в Австрии [1]. Всего 2300 объектов среди которых десятки банков данных, порталов данных, научных репозиториев (статей, данных и тд.), тестовых лабораторий, специализированных лабораторий и устройств, обсерваторий и другой инфраструктуры.
Во многих странах такая инфраструктура существует, не во всех это столь тщательно систематизировано.
С точки зрения данных интересен список из 127 научных дата архивов, репозиториев и баз данных.
Из любопытного, по каждому объекту научной инфраструктуры присутствуют:
- условия использования
- ссылки на проводимые проекты
- ссылки на научные публикации с упоминанием.
Ссылки:
[1] https://forschungsinfrastruktur.bmbwf.gv.at/en
#openscience #openaccess #austria
Во многих странах такая инфраструктура существует, не во всех это столь тщательно систематизировано.
С точки зрения данных интересен список из 127 научных дата архивов, репозиториев и баз данных.
Из любопытного, по каждому объекту научной инфраструктуры присутствуют:
- условия использования
- ссылки на проводимые проекты
- ссылки на научные публикации с упоминанием.
Ссылки:
[1] https://forschungsinfrastruktur.bmbwf.gv.at/en
#openscience #openaccess #austria
Свежий стандарт по публикации результатов научной деятельности в открытом доступе Cross Domain Interoperability Framework (CDIF): Discovery Module [1] создан в рамках проекта WorldFAIR [2] и охватывает самые разнообразные объекты, но, что важнее, он описывает их публикацию используя schema.org что существенно повышает их находимость для поисковиков, в первую очередь, Google, но не только. Существенная часть стандарта про публикацию наборов данных, с отсылками в другим стандартам, включая DCAT, DataCite, ISO19115, EML, FGDC CSDGM, CERIF и DDI. Странно разве что отсутствие упоминания OAI-PHM. Как бы то ни было, потенциально это новый стандарт, который может быть вскоре одобрен в ЕС.
Ссылки:
[1] https://zenodo.org/records/10252564
[2] https://worldfair-project.eu/2023/12/05/cross-domain-interoperability-framework-cdif-discovery-module-v01-draft-for-public-consultation/
#opendata #datastandards #eu #standards #data #openaccess
Ссылки:
[1] https://zenodo.org/records/10252564
[2] https://worldfair-project.eu/2023/12/05/cross-domain-interoperability-framework-cdif-discovery-module-v01-draft-for-public-consultation/
#opendata #datastandards #eu #standards #data #openaccess
Zenodo
Cross Domain Interoperability Framework (CDIF): Discovery Module (v01 draft for public consultation)
In support of the WorldFAIR project and other activities to improve the implementation of the FAIR principles, the Cross-Domain Interoperability Framework (CDIF) Working Group is producing a suite of recommendations and guidelines. The CDIF will include…
Неожиданная новость, Университет Парижа (Сорбонна) с 2024 года отказывается от подписки на проприетарный библиометрический продукт Web of Science и библиометрических продуктов от компании Clarivate в пользу открытого OpenAlex [1].
Это очень хорошая новость для проекта OpenAlex в котором собрано уже более 247 миллионов научных работ [2], а теперь и подключаются ведущие университеты.
А я не могу не напомнить что это одна из крупнейших открытых баз данных научных исследований, доступная в виде полных дампов.
Ссылки:
[1] https://www.sorbonne-universite.fr/en/news/sorbonne-university-unsubscribes-web-science
[2] https://openalex.org/stats
#openaccess #opendata #biblography
Это очень хорошая новость для проекта OpenAlex в котором собрано уже более 247 миллионов научных работ [2], а теперь и подключаются ведущие университеты.
А я не могу не напомнить что это одна из крупнейших открытых баз данных научных исследований, доступная в виде полных дампов.
Ссылки:
[1] https://www.sorbonne-universite.fr/en/news/sorbonne-university-unsubscribes-web-science
[2] https://openalex.org/stats
#openaccess #opendata #biblography
Подборка полезных ссылок для чтения про данные и не только:
- WikiCrow [1] генератор статей для Википедии/другой вики посвящённых научным явлениям, в демо показывают генерацию статей по человеческим генам. Используют внутреннюю LLM без галлюцинаций и сравнивают результат со статьями в Википедии подчёркивая большую полноту и качество созданных статей. Уже интересно, подключат такой движок к Википедии или запретят подобное и появятся новые вики проекты подготовленные ИИ?
- How to make data open? Stop overlooking librarians [2] заметка в Nature про то что не надо игнорировать библиотекарей при подготовке открытых научных данных к публикации. С упоминанием инструментов Bitcurator и ReproZIP, но почему-то не упоминает автор про FrictionlessData.
- Meta is giving researchers more access to Facebook and Instagram data [3] в Meta сдвинулись в сторону предоставления доступа к данным соцсетей для исследователей. Весьма интересно, хорошо бы узнать потом в каких научных работах это будет упоминаться. Подозреваю что высока вероятность что первыми туда придут политологи в США чтобы изучать политическую рекламу.
- The oligopoly’s shift to open access: How the big five academic publishers profit from article processing charges [4] статья с оценками того сколько олигополия академических издательств зарабатывает на платежах за обработку научных статей. Подсказка - много, возможно слишком много.
Ссылки:
[1] https://www.futurehouse.org/wikicrow
[2] https://www.nature.com/articles/d41586-023-03935-1
[3] https://www.technologyreview.com/2023/11/21/1083760/meta-transparency-research-database-nick-clegg/
[4] https://direct.mit.edu/qss/article/doi/10.1162/qss_a_00272/118070/The-Oligopoly-s-Shift-to-Open-Access-How-the-Big
#opendata #data #ai #openaccess #readings
- WikiCrow [1] генератор статей для Википедии/другой вики посвящённых научным явлениям, в демо показывают генерацию статей по человеческим генам. Используют внутреннюю LLM без галлюцинаций и сравнивают результат со статьями в Википедии подчёркивая большую полноту и качество созданных статей. Уже интересно, подключат такой движок к Википедии или запретят подобное и появятся новые вики проекты подготовленные ИИ?
- How to make data open? Stop overlooking librarians [2] заметка в Nature про то что не надо игнорировать библиотекарей при подготовке открытых научных данных к публикации. С упоминанием инструментов Bitcurator и ReproZIP, но почему-то не упоминает автор про FrictionlessData.
- Meta is giving researchers more access to Facebook and Instagram data [3] в Meta сдвинулись в сторону предоставления доступа к данным соцсетей для исследователей. Весьма интересно, хорошо бы узнать потом в каких научных работах это будет упоминаться. Подозреваю что высока вероятность что первыми туда придут политологи в США чтобы изучать политическую рекламу.
- The oligopoly’s shift to open access: How the big five academic publishers profit from article processing charges [4] статья с оценками того сколько олигополия академических издательств зарабатывает на платежах за обработку научных статей. Подсказка - много, возможно слишком много.
Ссылки:
[1] https://www.futurehouse.org/wikicrow
[2] https://www.nature.com/articles/d41586-023-03935-1
[3] https://www.technologyreview.com/2023/11/21/1083760/meta-transparency-research-database-nick-clegg/
[4] https://direct.mit.edu/qss/article/doi/10.1162/qss_a_00272/118070/The-Oligopoly-s-Shift-to-Open-Access-How-the-Big
#opendata #data #ai #openaccess #readings
В рубрике как это устроено у них открытые научные данные в такой, далеко не всем известной научной дисциплине как материаловедение.
Как и ряд других дисциплин она активно сдвигается в сторону открытости науки и открытости исследовательских данных.
Вот пример, 4-х научных проектов:
- AFlow [1] - база из 3.5 миллионов компонентов материалов и более чем 734 миллионов их свойств, под Public Domain для научного использования
- OQDM [2] база рассчитанных термодинамических и структурных характеристик более чем 1.2 миллионов материалов. Под Creative Commons
- The Materials Project [3] база по более чем 320 тысячам молекулам и материалам, а также проекты по машинному обучению предсказания свойств материалов
- NOMADS [4] база из 13 миллионов записей о материалах, как теоретических, так и полученных из экспериментов
У всех проектов лицензии на распространение материалов или Creative Commons или Public Domain, есть API на получение и на загрузку данных. Их наборы данных и отдельные записи индексируются научными поисковиками и агрегаторами. Ко всем есть API, библиотеки на Python для автоматической работы с данными, открытый код и сформировавшаяся экосистема.
Общий объём раскрываемых данных измеряется в сотнях теребайт. Начиная с 100 GB в OQMD и до 119 TB в NOMAD.
Ссылки:
[1] http://aflowlib.org/
[2] https://oqmd.org/
[3] https://next-gen.materialsproject.org/
[4] https://nomad-lab.eu/nomad-lab/
#opendata #openaccess #openscience #science #research #materials #molecules
Как и ряд других дисциплин она активно сдвигается в сторону открытости науки и открытости исследовательских данных.
Вот пример, 4-х научных проектов:
- AFlow [1] - база из 3.5 миллионов компонентов материалов и более чем 734 миллионов их свойств, под Public Domain для научного использования
- OQDM [2] база рассчитанных термодинамических и структурных характеристик более чем 1.2 миллионов материалов. Под Creative Commons
- The Materials Project [3] база по более чем 320 тысячам молекулам и материалам, а также проекты по машинному обучению предсказания свойств материалов
- NOMADS [4] база из 13 миллионов записей о материалах, как теоретических, так и полученных из экспериментов
У всех проектов лицензии на распространение материалов или Creative Commons или Public Domain, есть API на получение и на загрузку данных. Их наборы данных и отдельные записи индексируются научными поисковиками и агрегаторами. Ко всем есть API, библиотеки на Python для автоматической работы с данными, открытый код и сформировавшаяся экосистема.
Общий объём раскрываемых данных измеряется в сотнях теребайт. Начиная с 100 GB в OQMD и до 119 TB в NOMAD.
Ссылки:
[1] http://aflowlib.org/
[2] https://oqmd.org/
[3] https://next-gen.materialsproject.org/
[4] https://nomad-lab.eu/nomad-lab/
#opendata #openaccess #openscience #science #research #materials #molecules
В рубрике интересных наборов данных Data Citation Corpus [1] от Datacite появился в рамках проекта Make Data Count. Сами данные владельцы пока не отдают в свободный оборот, надо заполнить форму запроса на использование [2], но для исследовательских проектов это не должно быть помехой.
Также, у набора данных есть дашборд с визуализацией [3].
Проект любопытный, на нём можно построить гораздо более интересную аналитику чем то что сейчас предоставляет DataCite.
Ссылки:
[1] https://makedatacount.org/data-citation/
[2] https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSd1l7ovTQs3EMw9mz4HFaVB2SuUQ8Z8FldoCDgvD74GV-vh0Q/viewform
[3] http://corpus.datacite.org/dashboard
#opendata #data #openaccess #researchdata
Также, у набора данных есть дашборд с визуализацией [3].
Проект любопытный, на нём можно построить гораздо более интересную аналитику чем то что сейчас предоставляет DataCite.
Ссылки:
[1] https://makedatacount.org/data-citation/
[2] https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSd1l7ovTQs3EMw9mz4HFaVB2SuUQ8Z8FldoCDgvD74GV-vh0Q/viewform
[3] http://corpus.datacite.org/dashboard
#opendata #data #openaccess #researchdata
В рубрике как это устроено у них La Referencia [1] портал агрегатор научных работ в Латинской Америке + Испания. В боле более 5.2 миллионов научных работ большая часть которых - это статьи, магистерские и докторские тезисы и многое другое. В том числе наборы данных в объёме 10 тысяч штук. Что очень немного по сравнению с общим числом других работ, около 0.2%, но немало для разного рода каталогов данных.
Правда, большая часть данных там из испанских научных репозиториев, но тем не менее.
Проект интегрирован с европейским проектом OpenAIRE и его материалы доступны через поиск в OpenAIRE.
#opendata #openaccess #openresearch
Правда, большая часть данных там из испанских научных репозиториев, но тем не менее.
Проект интегрирован с европейским проектом OpenAIRE и его материалы доступны через поиск в OpenAIRE.
#opendata #openaccess #openresearch
Кстати, пока без выводов, но наблюдаю что некоторые издатели научных материалов стали явным образом запрещать их использование для обучение ИИ. Пример - Elsevier в их условиях использования на всех их продуктах и сайтах что они управляют.
Интересно наблюдает ли кто-либо за изменениями в TOS именно относительно ИИ и запретов на его применение на контент?
#openaccess #ai
Интересно наблюдает ли кто-либо за изменениями в TOS именно относительно ИИ и запретов на его применение на контент?
#openaccess #ai