Не все данные называются наборами данных или базами данных или даже просто данными. Например, научные работы состоящие из данных или включающие данные могут называть datasets и, чаще всего, именно так и называют в репозиториях научных данных или в институциональных репозиториях научных и университетских исследовательских центров.
Однако, современные научные журналы - это, тоже, далеко не только тексты статей, там есть довольно много разных технологизированных тенденций и одна из них это публикация статей с данными. Такие статьи называют не datasets, а data paper, data report, data article и data note. Они включают сам текст статьи и уведомление о доступности данных включающее ссылки на первичные данные или данные полученные в результате работы.
Например, издательство Frontiers размещает data reports в своих онлайн изданиях [1]. Пока немного, всего 597 статей из 512 тысяч, это меньше чем 0.1%, но, тем не менее. Постепенно их число растёт.
В GBIF есть описание о том что такое data paper и примеры изданий их публикующих [2], подсказка , много таких изданий. Например, data paper есть в изданиях издательства Pensoft [3] и ещё немало специализированных журналов для данных вернее для статей с данными.
Есть подборки таких журналов [4] и их несложно найти при желании.
Подобные работы иногда сопровождаются приложенными дата файлами, а чаще ссылками на публикации данных в научных репозиториях. Таких как Dryad, Zenodo, Mendeley и ещё много других.
Для меня лично незакрытым вопросом остаётся воспринимать ли data papers как предмет индексирования поисковой системы по данным. С одной стороны большая часть данных из них доступны в каталогах данных, с другой стороны большая часть - это не все и многие данные в каталоги данных не попадают.
Ссылки:
[1] https://www.frontiersin.org/articles?publication-date=01%2F01%2F2007-06%2F04%2F2024&type=123
[2] https://www.gbif.org/data-papers
[3] https://mycokeys.pensoft.net/browse_journal_articles.php?form_name=filter_articles&sortby=0&journal_id=11&search_in_=0§ion_type%5B%5D=134
[4] https://zenodo.org/records/7082126
#openaccess #thoughts #research #data #datasets
Однако, современные научные журналы - это, тоже, далеко не только тексты статей, там есть довольно много разных технологизированных тенденций и одна из них это публикация статей с данными. Такие статьи называют не datasets, а data paper, data report, data article и data note. Они включают сам текст статьи и уведомление о доступности данных включающее ссылки на первичные данные или данные полученные в результате работы.
Например, издательство Frontiers размещает data reports в своих онлайн изданиях [1]. Пока немного, всего 597 статей из 512 тысяч, это меньше чем 0.1%, но, тем не менее. Постепенно их число растёт.
В GBIF есть описание о том что такое data paper и примеры изданий их публикующих [2], подсказка , много таких изданий. Например, data paper есть в изданиях издательства Pensoft [3] и ещё немало специализированных журналов для данных вернее для статей с данными.
Есть подборки таких журналов [4] и их несложно найти при желании.
Подобные работы иногда сопровождаются приложенными дата файлами, а чаще ссылками на публикации данных в научных репозиториях. Таких как Dryad, Zenodo, Mendeley и ещё много других.
Для меня лично незакрытым вопросом остаётся воспринимать ли data papers как предмет индексирования поисковой системы по данным. С одной стороны большая часть данных из них доступны в каталогах данных, с другой стороны большая часть - это не все и многие данные в каталоги данных не попадают.
Ссылки:
[1] https://www.frontiersin.org/articles?publication-date=01%2F01%2F2007-06%2F04%2F2024&type=123
[2] https://www.gbif.org/data-papers
[3] https://mycokeys.pensoft.net/browse_journal_articles.php?form_name=filter_articles&sortby=0&journal_id=11&search_in_=0§ion_type%5B%5D=134
[4] https://zenodo.org/records/7082126
#openaccess #thoughts #research #data #datasets
Frontiers
Articles | Frontiers
List of all peer-reviewed academic Articles published by Frontiers Media SA.
В рубрике как это устроено у них британское НКО Align to Innovate [1] сфокусированы на развитии открытости в биоинформатике через конкурсы, турниры и открытые данные в этой сфере. У них пример подхода к публикации данных через верификацию сообществом [2] начиная с dataset proposal (предложения конкретного набора данных) и продолжая сбором данных.
Очень логичная инициатива потому что подготовка больших верифицированных академических датасетов - это большая работа и дорогая к тому же. А здесь логичный процесс особенно если научные фонды понимают зачем создаются данные и то что надо финансировать процесс их создания.
Ссылки:
[1] https://alignbio.org
[2] https://alignbio.org/datasets-in-detail
#opendata #datasets #openaccess #data
Очень логичная инициатива потому что подготовка больших верифицированных академических датасетов - это большая работа и дорогая к тому же. А здесь логичный процесс особенно если научные фонды понимают зачем создаются данные и то что надо финансировать процесс их создания.
Ссылки:
[1] https://alignbio.org
[2] https://alignbio.org/datasets-in-detail
#opendata #datasets #openaccess #data
В рубрике как это работает у них, польский портал Most Wiedzy [1] (Мост к знаниям) на котором публикуются результаты научной деятельности. В отдельном разделе портала Dane Badawcze [2] собраны открытые научные данные.
Всего 4093 набора данных на сегодняшний день, большая часть их под лицензиями CC0 и CC-BY.
У проекта есть открытое API [3] и выгрузка данных для семантического веба RDF/OWL [4].
Создан в университете Гданьска, используется десятком исследовательских центров Польши.
Ссылки:
[1] https://mostwiedzy.pl/pl/
[2] https://mostwiedzy.pl/pl/open-research-data/catalog
[3] https://api.mostwiedzy.pl/
[4] https://mostwiedzy.pl/pl/open-data
#opendata #openaccess #poland #datacatalogs
Всего 4093 набора данных на сегодняшний день, большая часть их под лицензиями CC0 и CC-BY.
У проекта есть открытое API [3] и выгрузка данных для семантического веба RDF/OWL [4].
Создан в университете Гданьска, используется десятком исследовательских центров Польши.
Ссылки:
[1] https://mostwiedzy.pl/pl/
[2] https://mostwiedzy.pl/pl/open-research-data/catalog
[3] https://api.mostwiedzy.pl/
[4] https://mostwiedzy.pl/pl/open-data
#opendata #openaccess #poland #datacatalogs
Подборка полезных ссылок про данные, технологии и не только:
- Catalogue of predictive models in the humanitarian sector [1] каталог предсказательных моделей в гуманитарном секторе, про погоду, засуху, катастрофы, пандемии и так далее. Большая подборка, в основном от университетов и структур ООН
- OGP Data Dashboard [2] обещания стран по развитию открытости в рамках OGP наложенное на карты. В том числе локальные инициативы
- Rubber Duck Debugging [3] отладка резиновой уточкой, способ программирования код объясняешь код построчно желтой резиновой утке рядом. Можно заменить на плюшевого медведя. Не новость, но полезное напоминание для тех кто задолбался с отладкой;)
- Enhancing findability and searchability of research data: Metadata conversion and registration in institutional repositories [4] научная работа про повышение качества поиска и находимости научных данных. Построено с акцентом на японскую национальную систему публикации научных данных IRDB [5]
- SciLake. Scientific Knowledge Graphs in the heart of Open Science
[6] европейский проект поверх OpenAIRE по сбору дополнительных данных и обогащению метаданных связанных с научными активностями. Больше похоже на параллельные научные гранты по обогащению данных OpenAIRE, не связанные между собой, но результатом может быть интересный открытый код
Ссылки:
[1] https://centre.humdata.org/catalogue-for-predictive-models-in-the-humanitarian-sector/
[2] https://www.opengovpartnership.org/data-dashboard
[3] https://en.wikipedia.org/wiki/Rubber_duck_debugging
[4] https://datascience.codata.org/articles/10.5334/dsj-2024-040
[5] https://irdb.nii.ac.jp
[6] https://scilake.eu
#opendata #datascience #programming #data #openaccess
- Catalogue of predictive models in the humanitarian sector [1] каталог предсказательных моделей в гуманитарном секторе, про погоду, засуху, катастрофы, пандемии и так далее. Большая подборка, в основном от университетов и структур ООН
- OGP Data Dashboard [2] обещания стран по развитию открытости в рамках OGP наложенное на карты. В том числе локальные инициативы
- Rubber Duck Debugging [3] отладка резиновой уточкой, способ программирования код объясняешь код построчно желтой резиновой утке рядом. Можно заменить на плюшевого медведя. Не новость, но полезное напоминание для тех кто задолбался с отладкой;)
- Enhancing findability and searchability of research data: Metadata conversion and registration in institutional repositories [4] научная работа про повышение качества поиска и находимости научных данных. Построено с акцентом на японскую национальную систему публикации научных данных IRDB [5]
- SciLake. Scientific Knowledge Graphs in the heart of Open Science
[6] европейский проект поверх OpenAIRE по сбору дополнительных данных и обогащению метаданных связанных с научными активностями. Больше похоже на параллельные научные гранты по обогащению данных OpenAIRE, не связанные между собой, но результатом может быть интересный открытый код
Ссылки:
[1] https://centre.humdata.org/catalogue-for-predictive-models-in-the-humanitarian-sector/
[2] https://www.opengovpartnership.org/data-dashboard
[3] https://en.wikipedia.org/wiki/Rubber_duck_debugging
[4] https://datascience.codata.org/articles/10.5334/dsj-2024-040
[5] https://irdb.nii.ac.jp
[6] https://scilake.eu
#opendata #datascience #programming #data #openaccess
В рубрике как это устроено у них японский национальный репозиторий результатов научных работ IRDB [1], включает 4.1 миллиона ресурсов, большая часть которых это научные статьи, журналы, публикации после конференций и так далее, а также боле чем 124 тысячи наборов исследовательских данных. Чем то IRDB схож с проектами OpenAIRE и SciDB, хотя и сделан весьма консервативнее.
В его основе харвестинг метаданных из более чем 700 научных репозиториев [2] в которых реализовано раскрытие метаданных по стандарту JPCOAR [3] через интерфейсы OAI-PMH. Сам репозиторий IDRB также поддерживает доступ через OAI-PMH [4] и с ним можно взаимодействовать программным образом.
Простота харвестинга во многом обеспечена тем что значительная часть репозиториев - это репозитории на базе open-source ПО Weko3 которое является доработанной версией репозитория для научных публикаций Invenio 3 и который и обеспечивает предоставление метаданных через OAI и, также, предоставляет иные, API упрощающие сбор данных. Weko3 был разработан Национальным институтом информатики Японии, той же организацией что управляет IRDB
У IRDB множество недостатков тоже есть:
- нет bulk download, нельзя скачать базу целиком
- нет документированного API, даже интерфейс OAI не упомянут на сайте, не говоря уже о том что он устарел для большей части задач
- схемы данных описания датасетов весьма консервативны. Нет даже разметки schema.org, не говоря уже о DCAT.
В целом проект выглядит проработанным, живым, но замершим в развитии.
Кстати, китайский проект SciDb сделан очень похожим образом. Также есть ПО институциональных репозиториев созданный структурой Китайской академии наук и централизованный архив/поиск индексирующий все эти репозитории.
Возвращаясь к IRDB, например, для Dateno проще автоматизировать сбор метаданных из японских репозиториев напрямую чем индексировать IRDB именно из-за отсутствия другого API кроме OAI.
Ссылки:
[1] https://irdb.nii.ac.jp
[2] https://irdb.nii.ac.jp/en/repositorylist
[3] https://schema.irdb.nii.ac.jp/en
[4] https://irdb.nii.ac.jp/oai
#opendata #data #openaccess #japan #china #openscience
В его основе харвестинг метаданных из более чем 700 научных репозиториев [2] в которых реализовано раскрытие метаданных по стандарту JPCOAR [3] через интерфейсы OAI-PMH. Сам репозиторий IDRB также поддерживает доступ через OAI-PMH [4] и с ним можно взаимодействовать программным образом.
Простота харвестинга во многом обеспечена тем что значительная часть репозиториев - это репозитории на базе open-source ПО Weko3 которое является доработанной версией репозитория для научных публикаций Invenio 3 и который и обеспечивает предоставление метаданных через OAI и, также, предоставляет иные, API упрощающие сбор данных. Weko3 был разработан Национальным институтом информатики Японии, той же организацией что управляет IRDB
У IRDB множество недостатков тоже есть:
- нет bulk download, нельзя скачать базу целиком
- нет документированного API, даже интерфейс OAI не упомянут на сайте, не говоря уже о том что он устарел для большей части задач
- схемы данных описания датасетов весьма консервативны. Нет даже разметки schema.org, не говоря уже о DCAT.
В целом проект выглядит проработанным, живым, но замершим в развитии.
Кстати, китайский проект SciDb сделан очень похожим образом. Также есть ПО институциональных репозиториев созданный структурой Китайской академии наук и централизованный архив/поиск индексирующий все эти репозитории.
Возвращаясь к IRDB, например, для Dateno проще автоматизировать сбор метаданных из японских репозиториев напрямую чем индексировать IRDB именно из-за отсутствия другого API кроме OAI.
Ссылки:
[1] https://irdb.nii.ac.jp
[2] https://irdb.nii.ac.jp/en/repositorylist
[3] https://schema.irdb.nii.ac.jp/en
[4] https://irdb.nii.ac.jp/oai
#opendata #data #openaccess #japan #china #openscience
В рубрике интересных каталогов данных малоизвестных за пределами своих отраслей GBIF (Global Biodiversity Information Facility) [1] портал для публикации данных о встреченных видах в рамках исследований биоразнообразия.
Сейчас на портале более 108 тысяч наборов данных о 7.7 миллионах видах и чуть менее 3 миллиардах упоминаний о случаях встречи с ними (occurrences). Помимо информации о видах и датасетах там есть профили стран и можно найти данные даже по очень экзотическим территориям или по известным странам с большой подробностью.
Вот профиль с датасетами и животными Армении [2] и, например, если Вы интересовались есть ли в Армении медведи. Да, есть;) [3]
Почти все материалы в GBIF опубликованы под лицензиями CC-BY и CC0.
Это бесценный источник ресурсов для обучения распознавания изображений животных и их следов.
Ссылки:
[1] https://www.gbif.org
[2] https://www.gbif.org/country/AM/summary
[3] https://www.gbif.org/occurrence/4436343743
#opendata #biodiversity #openaccess
Сейчас на портале более 108 тысяч наборов данных о 7.7 миллионах видах и чуть менее 3 миллиардах упоминаний о случаях встречи с ними (occurrences). Помимо информации о видах и датасетах там есть профили стран и можно найти данные даже по очень экзотическим территориям или по известным странам с большой подробностью.
Вот профиль с датасетами и животными Армении [2] и, например, если Вы интересовались есть ли в Армении медведи. Да, есть;) [3]
Почти все материалы в GBIF опубликованы под лицензиями CC-BY и CC0.
Это бесценный источник ресурсов для обучения распознавания изображений животных и их следов.
Ссылки:
[1] https://www.gbif.org
[2] https://www.gbif.org/country/AM/summary
[3] https://www.gbif.org/occurrence/4436343743
#opendata #biodiversity #openaccess
Команда OpenAIRE пишет про партнёрство с лабораторией SCImago [1], командой которая создала несколько продуктов по оценке и рэнкингу научных институций и стран. Кстати, если Вы не видели их рейтинг стран по научным публикациям, то стоит взглянуть [2] и, кстати, картинка о состоянии российской науки, вернее падения её интеграции в мировую и цитируемости. Я это комментировать не буду, уверен что найдутся те кто может объяснить эти процессы лучше меня.
Так вот партнёрство OpenAIRE и SCImago упоминается в контексте исследовательских данных и логично будет если вскоре появятся аналитические и визуальные продукты именно по публикации и доступности научных данных. Это будет любопытно.
Правда, важно всегда помнить что качество метаданных в индексе OpenAIRE не очень высокое, но точно выше чем в DataCite или в китайском ScienceDB.
Ссылки:
[1] https://www.openaire.eu/openaire-and-scimago-lab-unite-to-enhance-scholarly-research-data
[2] https://www.scimagojr.com/countryrank.php
[3] https://www.scimagojr.com/countrysearch.php?country=RU
#opendata #openaccess #openaire #europe #rankings
Так вот партнёрство OpenAIRE и SCImago упоминается в контексте исследовательских данных и логично будет если вскоре появятся аналитические и визуальные продукты именно по публикации и доступности научных данных. Это будет любопытно.
Правда, важно всегда помнить что качество метаданных в индексе OpenAIRE не очень высокое, но точно выше чем в DataCite или в китайском ScienceDB.
Ссылки:
[1] https://www.openaire.eu/openaire-and-scimago-lab-unite-to-enhance-scholarly-research-data
[2] https://www.scimagojr.com/countryrank.php
[3] https://www.scimagojr.com/countrysearch.php?country=RU
#opendata #openaccess #openaire #europe #rankings
Давно размышляю о том как в научной среде публикуют данные и насколько всё зависит от научной дисциплины. В разных науках подход, инструменты, культура работы с данными и их доступность существенно отличаются.
Например, особняком идёт всё что касается life sciences особенно в части биоинформатики. Практически все исследования там, или создают данные, или используют и ссылаются на данные, или то и другое. Фактически это огромная связанная инфраструктура через стандарты, идентификаторы, специальные платформы и специализированные платформы и базы данных. Собственный мир развивающийся по собственным правилам.
Второй похожий блок - это науки о Земле включая климатологию, метеорологию, геофизику, науки о морях и океанах. По внутренним ощущениям там не так всё технологизировано, вернее, несколько консервативнее, но также это собственная экосистема.
Особняком данные связанные с ИИ, одна из областей где коммерческих данных может быть больше чем научных. Большая часть из них сконцентрированы в Kaggle и Hugging Face.
И отдельная история - это экономика, социальные науки, гуманитарные науки, госуправление и тд. Там данные если публикуются то скорее рассматриваются как один из результатов научной деятельности. Вот они публикуются, или на тех же ресурсах что и научные статьи, или на специализированных научных порталах общего типа.
Всё это сильно влияет на то как собирать данные, что считать датасетами, объём собираемых данных и так далее.
К примеру, сбор научных данных из репозиториев научных результатов - это, часто, поиск иголки в стоге сена. Не все научные репозитории поддерживают API и фильтрацию результатов по типу содержимого. Из репозиториев на базе DSpace, к примеру, надо вначале извлечь всё, а потом уже процеживать их по множеству критериев чтобы вытащить датасеты. Из 1 миллиона таких научных результатов, то что является датасетами будет 50-60 тысяч записей.
Возникает ситуация когда можно собирать научные данные и в процессе приходится ещё множество метаданных других научных работ и поисковик/поисковый индекс по научным работам получается автоматически. Как бы естественно. Но делать, его, вряд ли осмысленно поскольку таких поисковиков множество.
#thoughts #datasearch #openaccess #opendata
Например, особняком идёт всё что касается life sciences особенно в части биоинформатики. Практически все исследования там, или создают данные, или используют и ссылаются на данные, или то и другое. Фактически это огромная связанная инфраструктура через стандарты, идентификаторы, специальные платформы и специализированные платформы и базы данных. Собственный мир развивающийся по собственным правилам.
Второй похожий блок - это науки о Земле включая климатологию, метеорологию, геофизику, науки о морях и океанах. По внутренним ощущениям там не так всё технологизировано, вернее, несколько консервативнее, но также это собственная экосистема.
Особняком данные связанные с ИИ, одна из областей где коммерческих данных может быть больше чем научных. Большая часть из них сконцентрированы в Kaggle и Hugging Face.
И отдельная история - это экономика, социальные науки, гуманитарные науки, госуправление и тд. Там данные если публикуются то скорее рассматриваются как один из результатов научной деятельности. Вот они публикуются, или на тех же ресурсах что и научные статьи, или на специализированных научных порталах общего типа.
Всё это сильно влияет на то как собирать данные, что считать датасетами, объём собираемых данных и так далее.
К примеру, сбор научных данных из репозиториев научных результатов - это, часто, поиск иголки в стоге сена. Не все научные репозитории поддерживают API и фильтрацию результатов по типу содержимого. Из репозиториев на базе DSpace, к примеру, надо вначале извлечь всё, а потом уже процеживать их по множеству критериев чтобы вытащить датасеты. Из 1 миллиона таких научных результатов, то что является датасетами будет 50-60 тысяч записей.
Возникает ситуация когда можно собирать научные данные и в процессе приходится ещё множество метаданных других научных работ и поисковик/поисковый индекс по научным работам получается автоматически. Как бы естественно. Но делать, его, вряд ли осмысленно поскольку таких поисковиков множество.
#thoughts #datasearch #openaccess #opendata