یاماتو در سن شش سالگی از آکادمی فارغ التحصیل شد و در همان سن به درجه چونین ارتقا یافت . در کودکی، او توسط اوروچیمارو ربوده شد و یکی از شصت کودکی شد که آزمودنی‌های او بودند. به آنها DNA هوکاگه اول تزریق شد، به این امید که بتواند از توانایی آنها استفاده کند. قبل از اینکه اوروچیمارو بتواند نتایج آزمایش ها را نهایی کند، برای آزمایش های دیگرش توسط هیروزن دستگیر شد و مجبور شد از دهکده فرار کند. از آنجایی که هر کودکی که تحت آزمایش قرار گرفته بود، پس از مدت معینی مرده بود،