Свежая научная статья Why TPC Is Not Enough: An Analysis of the Amazon Redshift Fleet [1] изнутри Amazon AWS с анализом около 32 миллионов таблиц и около 500 миллионов запросов за 3-х месячный период, а также открытый датасет который лежит в основе этой статьи и её выводов.

Для дата инженерии там немало инсайтов:
1. До сих пор использование parquet это редкость, большая часть клиентов AWS используют сжатые GZip'ом CSV и JSON файлы.
2. Самый популярный тип данных varchar, более 52%. Это ещё раз подтверждает что на AWS явно основное применение не для математических расчётов, анализа геномных данных и тд.
3. Реально больших данных мало, больше 99.8% запросов работают менее чем с 10TB.

По поводу последнего в блоге MotherDuck, пост со ссылкой на эту статью [3] как раз про то что "больших данных не существует" и то что статья про данные AWS это подтверждает. Реальная потребность в обработке очень больших данных невелика.

Ссылки:
[1] https://assets.amazon.science/24/3b/04b31ef64c83acf98fe3fdca9107/why-tpc-is-not-enough-an-analysis-of-the-amazon-redshift-fleet.pdf
[2] https://github.com/amazon-science/redset?tab=readme-ov-file
[3] https://motherduck.com/blog/redshift-files-hunt-for-big-data/

#datasets #data #datatools #dataresearch

Почему я в последнее время много думаю и пишу про геоданные?
Есть 4 основных типов общедоступных данных данных которые собираются в Dateno:
- открытые данные (opendata). С ними всё довольно понятно, их много, не не бесконечно много. Большая часть порталов известны, далее просто длительная методическая работа по их систематизации и сбору датасетов
- научные данные. Тут не всё так понятно, и этих данных по объёму более всего в мире, но в каждой науке свои виды каталогов данных, стандарты и тд. За пределами отдельных научных дисциплин у этих данных не так много пользы
- статистика и индикаторы. Нужны всем, чаще стандартизированы, поддаются систематизированному сбору и "расщепляются" на множество поддатасетов в привязке к конкретным странам и территориям. Много усилий требуется по агрегации национальных каталогов статистики.
- геоданные. Их много, чаще стандартизированы, но поиск и каталогизация явно недостаточны. Предыдущие попытки чаше безуспешны.

Остальные типы данных - это данные для машинного обучения, данные из коммерческих маркетплейсов или датасеты из порталов микроданных (социология), все они сильно меньше количественно.

Существенный количественный рост данных в Dateno будет от трёх категорий: научные данные, данные индикаторов и геоданные.

При этом научные данные можно _очень быстро_ загрузить из 3-4 крупных источников и это добавит +20 млн датасетов и создаст огромные пузыри данных по нескольким языкам, категориям и темам.

Данные индикаторов стремительно превратят Dateno в портал по макроэкономике/макростатистике. Их также можно загрузить +5 млн датасетов в короткое время.

А в агрегированных геоданных сейчас есть объективный "пузырь", огромное число датасетов по Германии отчего в любом поисковике по данным доля геоданных их Германии достигает 40-60% от общего числа. Если не больше.

Конечно, в какой-то момент, можно перестать думать про этот баланс и залить в Dateno несколько десятков миллионов датасетов и уже потом заниматься вопросами качества индекса. Так, например, сделали в агрегаторах научных данных типа SciDb и OpenAIRE. Там очень много мусора который создаёт количество датасетов, но который и почти не найдёшь потому что эти мусорные данные даже не подпадают под фасеты. В общем-то там ставка однозначно сделана на количество датасетов, а в этом смысле нет проблемы достигнуть того же.

#opendata #data #dateno #thoughts #geodata

Полезные ссылки про технологии, данные и не только:
- Top Programming Languages 2024 [1] от IEEE Spectrum, для интриги не назову языки лидеры. Но всё очевидно:)
- GCSE results 2024: The main trends in grades and entries [2] лонгрид про данные результатов британского экзамена GCSE от Education Datalab.
- New Washington Post AI tool sifts massive data sets [3] в Axios о том что у Washington Post новый ИИ инструмент для просеивания данных, через него уже прогнали базу видеороликов кандидатов в президенты [4].
- Using Perplexity to prepare to job interview [5] автор описывает инструкции и шаблон промпт по подготовке к интервью компании на основании описания вакансии. Эта идея имеет больше глубины чем кажется на первый взгляд. Применимо не только к подготовке к интервью, но и в принятии решения откликаться ли на вакансию.
- Benchmarking energy usage and performance of Polars and pandas [6] сравнение энергопотребления при использовании Polars и Pandas. Интересен сам факт сравнения, но объекты сравнения подобраны плохо. Сравнивать надо с теми же движками что применялись в 1 billion rows challenge, а не вот так. Pandas уже какое-то время рассматривается как референсный продукт, хуже которого быть нельзя в части скорости работы с данными.
- No, 80% of data isn’t spatial (and why that is a good thing) [7] автор опровергает, вернее, пытается опровергнуть тот факт что 80% датасетов это геоданные. Нууу, вот тут то можно и поспорить. Количественно точно не 80%. А вот качественно, вернее объёмно по хранению... До того как объёмы геномных данных не начали накапливаться десятками петабайтов, а это где-то лет 5 назад началось, геоданные, с учётом данных наук о Земле, могли по объёму быть и более 80%. Сейчас я думаю что геномные данные составляют не менее 50%: данных.

Ссылки:
[1] https://spectrum.ieee.org/top-programming-languages-2024
[2] https://ffteducationdatalab.org.uk/2024/08/gcse-results-2024-the-main-trends-in-grades-and-entries/
[3] https://www.axios.com/2024/08/20/washington-post-ai-tool-data
[4] https://www.washingtonpost.com/elections/interactive/2024/republican-campaign-ads-immigration-border-security/
[5] https://www.linkedin.com/posts/patleomi_i-just-unlocked-a-really-cool-new-use-case-activity-7232456130281549825-onDm
[6] https://pola.rs/posts/benchmark-energy-performance/
[7] https://www.spatialstack.ai/blog/no-80-of-data-isn-t-spatial-and-why-that-is-a-good-thing

#data #ai #geodata #readings

Если ты знаешь один трюк, рассказывать его нельзя. Если ты знаешь сто трюков, то можно рассказать хоть про три (с)

Недокументированные API - это те API веб сайтов которые существуют и дают доступ к данным/сервисами, но по какой-либо причине явно не документированы владельцем сайта. Это то о чём я раньше читал лекции и недавно упоминал их в контексте презентации Paul Bradshow для дата-журналистов [1]. Журналисты расследователи и дата журналисты используют их достаточно часто. Я лично регулярно сталкиваюсь с этим в задачах архивации сайтов, создания датасетов "из ничего" и в Dateno при индексировании каталогов данных.

Есть несколько трюков в их поиске которые, как оказывается, широкой публике малоизвестны:
1. Многие сайты разрабатываются так что возвращают разный контент на передаваемые заголовки "Accept". Достаточно делать запросы с заголовком "Accept: application/json" чтобы обнаружить что веб страница может быть и JSON документом. Например, сайты на базе движка Blacklight используемого в архивном деле и для ведения цифровых коллекций материалов.
2. У стандартизированных CMS множество стандартизированных интерфейсов о которых владельцы сайтов могут ничего не подозревать. Не совсем "недокументированное API", скорее плохо документированное API по умолчанию. Оно есть пока владелец сайта явным образом не найдёт где его отключить или не предпримет специальных мер по его сокрытию. Явный пример, /wp-json/ у Wordpress, а также множество других примеров в менее известных CMS. На многих порталах открытых данных каталог данных доступен по ссылке /data.json даже если на сайте ссылки на него нет.
3. Разработчики API тоже люди и думают шаблонами и даже на проде оставляют доступ к API через стандартизированные интерфейсы во внутренних ссылках или поддоменах вроде префиксов документов вроде api и api-dev и в виде внутренних ссылок /api, /api-dev, /rest и ещё с десяток других.

Когда надо найти API конкретного сайта то трюков гораздо больше. Главное чтобы такое API реально существовало😉

Ссылки:
[1] https://t.me/begtin/5662

#opendata #data #tricks #readings

На днях я накатывал очередной обновление реестра каталогов данных, Dateno registry [1] тот самый который раньше был Common Data Index, а потом стал ядром поисковика по данным.

Важно то что он сам по себе также является продуктом, открытым, бесплатным, под свободной лицензией как база источников открытых и общедоступных данных. Самое очевидное применение его разработчиками национальных порталов открытых данных для агрегации на них данных с региональных, муниципальных и других порталов своей страны.

Некоторые цифры реестра видны на сайте, а некоторые можно подсчитать поработав в этим датасетом напрямую. Такие цифры на сегодня.

По типам каталогов данных
- 10 099 каталогов данных всего, из них:
— 5944 каталога геоданных
— 2732 портала открытых данных
— 871 репозиторий научных данных
— 276 каталогов индикаторов
— 276 всех остальных каталогов данных

По точкам подключения к API
- 35 404 точек подключения к API 99 различных типов API

По внешним идентификаторам:
- 777 идентификаторов каталогов данных в других источниках таких как re3data, datacatalogs.org, roar, wikidata и других

По используемому ПО:
- 119 типов ПО каталогов зарегистрировано
- 89% каталогов внесены с идентификацией типа ПО и только 11 процентов как отдельная разработка

По предметным областям
- 2158 каталогов имеют тематическую привязку в виде хотя бы одной темы, это около 21% всех каталогов данных

Это самый крупный каталог источников данных на сегодняшний день, сравнимый только с re3data и fairsharing, но они используются только для научных баз данных.

А наибольшие ограничения у реестра сейчас в том что у 66% каталогов данных не указан тип владельца и у 15% не идентифицирована страна к которой каталог относится. Если страну ещё можно идентифицировать по доменной зоне, то тип владельца каталога определяется, пока, только вручную. А приоритет ручной проверки проставлен от числа наборов данных в каталоге. Если в поисковый индекс Dateno попадает источник где есть более 1000 наборов данных то он становится кандидатом для ручной проверки и обновления метаданных.

И это, напомню, цифры именно по реестру каталогов данных. Потому что по индексируемым датасетам статистика совсем другая.

Ссылки:
[1] https://dateno.io/registry

#opendata #data #datasets #datacatalogs

В качестве мини-хобби, очень мини, я время от времени систематизирую ссылки по темам в жанре awesome list на Github с некоторой надеждой что над этими списками не я один буду работать. Надежды, как правило, не оправдываются, за редким исключением.

Список Awesome Digital Preservation, за время существования всего 14 лайков. У цифровой архивации мало фанатов, увы.

Или, например, у меня есть список Awesome Open Data software с ПО и стандартами по работе с открытыми данными. Почти всё ПО из реестра каталогов данных в Dateno, плюс ссылки на форматы файлов и стандарты обмена данными. Звездочек маловато, всего 24, не самая популярная тема.😜

Или вот Awesome Data Takeout со ссылками на сервисы получения всех своих данных из онлайн сервисов. 54 звезды, тоже, очень мало.

Для дата журналистов Awesome data journalism со списками инструментов для визуализации и не только. Набрало, 178 звезд, давно не обновлялось.

Russian Awesome Open data каталог источников открытых данных по РФ. Составлялся очень давно, как-то собрал 200 звездочек, уже практически не пополняется. Вместо него развивали datacatalogs.ru

Побольше в Awesome Forensic Tools с подборкой ресурсов в задачах цифрового дознания. Набрало 472 лайка при том что я почти не прилагал усилий по его пополнению, только один раз собрал всё вместе.

И, наконец, Awesome Status Pages собравшее 2738 лайков. Активное настолько что утомляет, сплошным потоком разработчики создают очередные сервисы проверки и публикации статусов сервисов и используют всякую маркетинговую мишуру чтобы их продвинуть. Дважды предлагали выкупить у меня эту страницу. Чувствую зря я её не продал;)

В общем-то по настоящему выстрелило только последнее, хотя списки составлять я лично люблю. Списки это же частный вид таблицы, можно ещё жанр завести. Awesome table of <something>, но в форматы Github'а или Telegram'а они плохо укладываются. Но может найдется близкий интересный формат

#opendata #datajournalism #data #digitalforensics #readings #thoughts

Для тех кто интересуется международной повесткой регулирования данных International Decade for Data (2025-2035) under G20 sponsorship [1] доклад одной из рабочих группы при G20 с предложением по продвижению десятилетия данных под эгидой G20 и основных направлениях.

Удивительно что там ни слова об открытых данных, но много про управление данными в международном аспекте.

Ссылки:
[1] https://www.t20brasil.org/media/documentos/arquivos/TF05_ST_06_Advocating_an_Inter66cf6ad8f1a90.pdf

#opendata #data #policy #readings

Свежий любопытный BI(?) проект MotherDuck Data App Generator [1] который позволяет на основе датасета в DuckDB генерировать дата приложение. Приложение с открытым кодом, но зависит от инфраструктуры MotherDuck.

Хотя они и называют его Data App Generator, тут надо быть честными, это такой недо-BI, по крайней мере в текущей форме и примерах по генерации дашбордов.

Мне, честно говоря, показалось странным что они сделали такое, потому что визуализация данных не самая сильная сторона их команды, Mother Duck известны продуктом для облачной аналитики, но не BI. Но в итоге они, похоже, выбирают путь прокачки собственного продукта, а не интеграции с другими, предлагая свой продукт как бэкэнд.

В любом случае идея по генерации приложений на данных имеет право на существование и даже может быть весьма востребована.

Если бы я не был занят Dateno и поиском данных, я бы автоматизацию аналитики ставил бы где в верхней части своих приоритетов, потому что это большая рыночная востребованная тема.

Ссылки:
[1] https://motherduck.com/blog/data-app-generator/

#opensource #duckdb #data #dataapps #startups

Неплохая подборка примеров проектов в том что называют Rewrite Bigdata in Rust (RBiR) [1], а то есть по переписыванию функциональности и отдельных продуктов с открытым кодом на Rust, вместо Python или Java.

Подборка хорошая и примеры там все как один вполне применимые к инфраструктуре практически любого дата-продукта.

А самое главное что у Rust и Python хорошая интеграция, можно заменять какие-то компоненты без болезненной адаптации проекта в целом.

Ссылки:
[1] https://xuanwo.io/2024/07-rewrite-bigdata-in-rust/

#opensource #rust #bigdata #datatools #data

Симпатичный продукт для тетрадок работы с данными Briefer [1], обещают поддержку Python и SQL, генерацию Data apps, ИИ помощника и построение дашбордов.

Поддерживаются Y Combinator и даже с открытым кодом и ещё интереснее их рассказ о том почему они с открытым кодом и каково это открывать код когда тебя финансируют венчурный фонд [3]. Ожидаемо там про выбор AGPL лицензии.

Ссылки:
[1] https://briefer.cloud/
[2] https://github.com/briefercloud
[3] https://briefer.cloud/blog/posts/launching-briefer-oss/

#opensource #datatools #data

А помните я писал о том что хорошо бы многим продуктам иметь SQL интерфейс для продвинутых пользователей? Вместо API, в дополнение API Так вот всё больше такого появляется. К примеру? Hugging Face совсем недавно добавили SQL консоль.

Внутри там всё на базе DuckDB WASM и выглядит как весьма полезная фича.

К каким сервисам ещё бы очень хотелось иметь SQL консоли?
1. Всё что касается веб аналитики. Чтобы не тягать всё время из API и чтобы не испытывать мучения с их веб интерфейсами.
2. К почте, вот просто к корпоративной почте.
3. К любым другим массовым онлайн сервисам (?)


#sql #datatools #data

Полезное чтение про данные, технологии и не только:
- The Modern CLI Renaissance [1] о том как инструменты командной строки переживают ренессанс будучи переписанными, в основном, на Rust. Тоже наблюдаю эту картину и что тут скажешь, хорошо что это происходит.
- Nvidia and Oracle team up for Zettascale cluster: Available with up to 131,072 Blackwell GPUs [2] полным ходом гонка ИИ кластеров. Oracle и NVIDIA запускают в начале 2025 г. кластер на 2.4 зетафлопса, сравнивать сложно, это просто много
- Android apps are blocking sideloading and forcing Google Play versions instead [3] Google начали внедрять в андроид функцию установки приложения через Google Play если ты пытаешься поставить его из другого источника. То есть если ты из внешнего магазина загружаешь приложение которое есть в Google Play то тебя обязывают ставить то что в Google Play.
- Google will now link to The Internet Archive to add more context to Search results [4] Google теперь даёт ссылки в результатах поиска на Интернет Архив вместо их собственного кэша, на который они ранее ссылки удалили. Надеюсь они при этом дали денег Интернет Архиву, потому что как бы их не за ддосили.

Ссылки:
[1] https://gabevenberg.com/posts/cli-renaissance/
[2] https://www.tomshardware.com/tech-industry/artificial-intelligence/nvidia-and-oracle-team-up-for-zettascale-cluster-available-with-up-to-131072-blackwell-gpus
[3] https://arstechnica.com/gadgets/2024/09/android-now-allows-apps-to-block-sideloading-and-push-a-google-play-version/
[4] https://9to5google.com/2024/09/11/google-search-internet-archive-wayback-machine/

#software #data #google #android #readings

Полезные ссылки про данные, технологии и не только:
- Governing data products using fitness functions [1] полезная статья с определением того что такое Data Product и как ими управлять, в первую очередь с архитектурной точки зрения.
- UIS Data Browser [2] новый каталог данных (статистики) ЮНЕСКО, данных немного, но есть API и массовая выгрузка.
- Why is language documentation still so terrible? [3] гневная статья где автор ругает все языки программирования кроме Rust. Претензий много и я с ним согласен и не только в отношении языков. Хорошую документацию на SDK или open source продукты встретишь нечасто.
- How We Made PostgreSQL Upserts 300x Faster on Compressed Data [4] про оптимизацию загрузки данных в PostgreSQL с помощью TimescaleDB, лично я не видел этот движок в работе, но для каких-то задач он может быть именно тем что нужно
- ImHex [5] шестнадцатеричный редактор с открытым кодом для реверс инжиниринга. На мой взгляд мало что заменит IDA Pro, но для задач не требующих хардкора и когда нет денег вполне себе полезный инструмент.

Ссылки:
[1] https://martinfowler.com/articles/fitness-functions-data-products.html#ArchitecturalCharacteristicsOfADataProduct
[2] https://databrowser.uis.unesco.org/
[3] https://walnut356.github.io/posts/language-documentation/
[4] https://www.timescale.com/blog/how-we-made-postgresql-upserts-300x-faster-on-compressed-data/
[5] https://github.com/WerWolv/ImHex

#opensource #data #datacatalogs #documentation #dbs

В рубрике интересных наборов и каталогов данных, источники данных по блокчейну, Web 3
- Blockсhair datasets [1] дампы всех основных криптовалют: Bitcoin, Bitcoin Cash, Zcash, ERC-20, Ethereum, Dogecoin, Litecoin в виде коллекции сжатых TSV файлов
- Bitcoin Blockchain Historical Data [2] датасет на Kaggle адаптированный под data science прямо на платформе, только Bitcoin
- AWS Public Blockchain Data [3] дампы блокчейнов Bitcoin и Ethereum сразу в формате parquet
- Google Cloud Blockchain Analytics [4] данные и интерфейс работы с ними для 24 разных криптовалют на платформе Google Cloud

Ссылки:
[1] https://blockchair.com/dumps
[2] https://www.kaggle.com/datasets/bigquery/bitcoin-blockchain
[3] https://registry.opendata.aws/aws-public-blockchain/
[4] https://cloud.google.com/blockchain-analytics/docs/supported-datasets

#opendata #datasets #data #datacatalogs

Давно пишу по кусочкам лонгрид про природу данных и наборов данных, про то как отличается их восприятие людьми разных профессий и потребностей и как от того где они применяются "плавает" это определение.

Самый простой пример - это всегда ли данные машиночитаемы? К примеру, данные в виде файлов csv, json, xml и тд. всегда можно рассматривать как машиночитаемые, а, к примеру, тексты, видео и изображения нет. Но если собрать тысячи, сотни тысяч текстов или фотографий, то вот, пожалуйста, датасет для обучения в data science. То есть данные не всегда машиночитаемы?

Другой пример, конфигурационные файлы приложений распространённо имеют машиночитаемые форматы как раз те же самые json, xml, yaml и ряд других. Делает ли это их наборами данных? Вообще-то нет, потому что не прослеживается модели их повторного использования.

Может быть именно повторное использование и востребованность тогда является главным критерием определения набора данных? В классических определениях набора данных это, или набор таблиц, или единица измерения информации опубликованной в открытом доступе.

А как рассматривать API? К примеру, в геоданных массово данные доступны не в виде файлов, а в виде API по стандартам OGC или ряду проприетарных. Их принято относить к наборам данных. Но там разные API, к примеру, WFS, WMS без сомнений можно относить к data api (API для доступа к данным), а какие-нибудь WPS уже точно не data api, а процессные API для обработки данных, а WCS что ближе к не API для данных, с помогающих в работе с геоинструментами. Для аудитории специалистов по геоанализу они нужны, но как бы не данные.

В научной среде репозитории данных очень часто совмещены с репозиториями ПО, во всяком случае для репозиториев общего типа. Главная идея тут в том что без ПО, причём конкретной версии, сложно повторить эксперимент/процессы в результате которых были данные получены.

Ещё пример, опять же про не машиночитаемость. С точки зрения архивации данных важно хранить данные в любой форме за условно любой период времени. К примеру, статистический сборник 19го века. Формально не машиночитаем, по факту исследователям статистикам может быть нужен? Безусловно. На многих порталах открытых данных опубликованы тысячи таких сборников как открытые данные. Но они не машиночитаемые. В такой логике к, примеру, Библиотека конгресса США или Национальная электронная библиотека в РФ это тоже каталоги данных? Или источники данных? Даже если они не машиночитаемы?

Всё это возвращает к размышлениям о том что наборы данных - это то о чём можно говорить как об опубликованным со смыслом (publish with the purpose), с пониманием аудитории и хотя бы одного сценария их применения.

В практическом применении это напрямую затрагивает, например, то какие данные индексируют и не индексируют поисковые системы. К примеру, Google Dataset Search не индексирует геоданные, они медленно, то уверенно склоняются к поисковику для исследователей. Научные поисковики вроде OpenAIRE, DataCite или BASE с самого начала декларируют что это не только поиск по данным, а по любым результатам научной деятельности до которых просто дотянутся. Для data science поисковика нет поскольку всего два основных ресурса, Hugging Face и Kaggle.

В Dateno индексируются геоданные (гео API) и порталы индикаторов причём с расширенной трактовкой индикаторов как то что датасетом является индикатор + страна во всех случаях когда можно сделать постоянную ссылку на файл или API. Так делают многие создатели этих порталов с индикаторами уже давно. Но это тоже некая форма интерпретации исходя из потребности и поиска пользователей.

Всё это, отчасти, философский вопрос о том строить ли поисковую систему по данным или поисковую систему для тех кто работает с данными. Разница между двумя этими понятиями весьма существенна. И поэтому она начинается с собственного определения того что такое набор данных

#thoughts #data #datasets

Для тех кто любит применять правильные термины, оказывается ещё в июле 2024 г. вышел словарь CODATA Research Data Management Terminology [1] с подборкой англоязычных терминов по управлению исследовательскими данными.

В принципе то термины там относительно универсальны, но определения даны через призму работу исследователей, поэтому корректно их воспринимать именно в контексте исследовательских данных, принципов FAIR и открытого доступа.

Например, определение открытых данных звучит как:

Data that are accessible, machine-readable, usable, intelligible, and freely shared. Open data can be freely used, re-used, built on, and redistributed by anyone – subject only, at most, to the requirement to attribute and sharealike.[2]

Этот словарь доступен через портал Research Vocabularies Australia [3] агрегатор и поисковик по всем словарям используемым в исследовательских целях в Австралии.

Ссылки:
[1] https://vocabs.ardc.edu.au/viewById/685
[2] http://vocabs.ardc.edu.au/repository/api/lda/codata/codata-research-data-management-terminology/v001/resource?uri=https%3A%2F%2Fterms.codata.org%2Frdmt%2Fopen-data
[3] https://vocabs.ardc.edu.au

#opendata #semanticweb #data #datacatalogs #terms

В рубрике как это устроено у них есть большая тема про доступность данных которую никак не уложить в короткий текст да и длинных текстов понадобится немало. Про инфраструктуру открытых данных в медицине, тесно переплетённую с идеей открытого доступа в науке.

Сразу всё сложно, можно подступиться к к отдельным её частям.

...
Значительная часть открытых данных связанных с медицинскими исследованиями в мире публикуется благодаря политике Национального института здравоохранения США (NIH). И связано это с тем что у NIH есть последовательная политика:
1. Вначале предпочтительности, а далее обязательности открытого доступа для всех финансируемых им исследований.
2. Последовательная политика поощрения создания и создания собственных репозиториев данных и иных результатов научной деятельности.
3. Прямые инвестиции в инфраструктуру создания, обработки, визуализации и систематизации данных научных исследований.

Примеры реализации этих политик в виде каталога репозиториев данных поддерживаемых NIH [1] причём эти репозитории разделяются на Generalist и Domain Specific. Первые - это репозитории данных как датасетов, такие как Zenodo или OSF. Вторые - это специализированные репозитории данных где единицей измерения/учёта/записи являются, как правило, не датасеты, а объекты научной деятельности к которым привязаны данные. Это могут быть репозитории исследований (studies), репозитории геномов (genomes) и так далее. Как правило эти репозитории содержат существенное число метаданных связанных с медициной/биоинформатикой/генетикой и перевязаны между собой кросс ссылками.

По мере нарастания критической массы разных проектов, а там реально очень много проектов на данных у NIH есть Common Fund Data Ecosystem (CFDE) [2] по интеграции существующих дата порталов и иных дата проектов общими правилами и конвейерами обработки данных. А сама эта инициатива существует в рамках The Common Fund в рамках которого как раз финансируется общая инфраструктура, важная для всех направлений исследований [3].

Медицина и, более широко, биоинформатика формируют собственную сложную экосистему репозиториев данных, инструментов, ключевых понятий и онтологий чем многие другие.

Реальные объёмы данных, количественные и качественные там поражают и одновременно, это область весьма замкнутого применения. Она как бы полностью в себе, как и большая часть научных дисциплин. Во всяком случае так это выглядит со стороны человека не вовлеченного в них напрямую.
...

Ссылки:
[1] https://www.nlm.nih.gov/NIHbmic/domain_specific_repositories.html
[2] https://commonfund.nih.gov/dataecosystem
[3] https://commonfund.nih.gov/current-programs

#opendata #medicine #openaccess #health #data