我有了個重大發現：所有本次新冠病毒的共祖可能早在12月之前的數月；在武漢的爆發也許與一個蛋白突變有關。
大概說一下：還是這個网站 http://fight-ncov.genowis.com/nextstrain-ncov?branchLabel=aa&c=country&m=div&p=full ，收集了幾十條新冠病毒的全序。网站把武漢最大的一個星簇作爲最左，同時一般也以爲這個是時閒最早。但以我對Y染色體和線粒體的經驗，最大的擴張處未必是最早的節點。這個其實是棵無根樹。尤其因爲病毒的演化速率會不符合分子鐘假設，而無根樹最早分化的節點（如“Y染色體亞當”和“線粒體夏娃”）需要通過outgroup來定根。現代人的Y染色體和線粒體可以用黑猩猩或尼安德特人來定根，而新冠病毒我自然想到用和其最接近的雲南蝙蝠冠狀病毒RaTG13來定。
結果，我發現最大的那個餅並不是樹根！眞正的樹根其實是在圖1和圖2標紅的位置。有三個突變，C8782T（圖3），T28144C（圖4），C24034T（圖5），RaTG13都是和圖2偏右的樣本一致。說明整個新冠肺炎的始祖是在紅叉處（但截至目前並沒有測到過序列全同的樣本，最少的也是差一步）。而ORF8（某個被翻譯的蛋白）上的T>C突變造成了一個絲氨酸到亮氨酸（Ser > Leu）的殘基改變，有可能是病毒毒力增強的重要位點。同時還說明，武漢有可能不是病毒的原發地，12月之前該病毒在人閒已經傳播數月，只是在武漢因毒力增強爆發纔爲人所知。最接近樹形眞正根部的這些樣本也許能提供病毒最初來源的更多線索。
順道說一下，中南大學的黃石敎授，爲什麼說人類的共祖不在亞洲而是非洲，就是因爲你定根定錯了！
大概說一下：還是這個网站 http://fight-ncov.genowis.com/nextstrain-ncov?branchLabel=aa&c=country&m=div&p=full ，收集了幾十條新冠病毒的全序。网站把武漢最大的一個星簇作爲最左，同時一般也以爲這個是時閒最早。但以我對Y染色體和線粒體的經驗，最大的擴張處未必是最早的節點。這個其實是棵無根樹。尤其因爲病毒的演化速率會不符合分子鐘假設，而無根樹最早分化的節點（如“Y染色體亞當”和“線粒體夏娃”）需要通過outgroup來定根。現代人的Y染色體和線粒體可以用黑猩猩或尼安德特人來定根，而新冠病毒我自然想到用和其最接近的雲南蝙蝠冠狀病毒RaTG13來定。
結果，我發現最大的那個餅並不是樹根！眞正的樹根其實是在圖1和圖2標紅的位置。有三個突變，C8782T（圖3），T28144C（圖4），C24034T（圖5），RaTG13都是和圖2偏右的樣本一致。說明整個新冠肺炎的始祖是在紅叉處（但截至目前並沒有測到過序列全同的樣本，最少的也是差一步）。而ORF8（某個被翻譯的蛋白）上的T>C突變造成了一個絲氨酸到亮氨酸（Ser > Leu）的殘基改變，有可能是病毒毒力增強的重要位點。同時還說明，武漢有可能不是病毒的原發地，12月之前該病毒在人閒已經傳播數月，只是在武漢因毒力增強爆發纔爲人所知。最接近樹形眞正根部的這些樣本也許能提供病毒最初來源的更多線索。
順道說一下，中南大學的黃石敎授，爲什麼說人類的共祖不在亞洲而是非洲，就是因爲你定根定錯了！
等鑽石公主号上患者的全序出來吧。不知道會不會是單系羣，是根部簇裏的還是武漢爆發簇裏的。
估計人類以前從來沒有這麼詳細硏究過一個物種（雖然病毒不一定該用物種這個詞）的微演化（就是從分子水平的每一個突變來觀察其變化，而非只從宏觀的表型來看）。雖然新冠病毒只有29000多個鹼基長，不到人線粒體長度（約16569 bp）的兩倍，但人線粒體平均3000年一個突變，新冠只要10天左右一個突變，突變速度接近人線粒體的十万倍。這就是爲什麼做動物實驗喜歡用小鼠而非猴子類似，小鼠比猴子傳代快得多，積累數據的速度也快。當然新冠的宿主是人，只能觀察，不可以主動實驗。
估計人類以前從來沒有這麼詳細硏究過一個物種（雖然病毒不一定該用物種這個詞）的微演化（就是從分子水平的每一個突變來觀察其變化，而非只從宏觀的表型來看）。雖然新冠病毒只有29000多個鹼基長，不到人線粒體長度（約16569 bp）的兩倍，但人線粒體平均3000年一個突變，新冠只要10天左右一個突變，突變速度接近人線粒體的十万倍。這就是爲什麼做動物實驗喜歡用小鼠而非猴子類似，小鼠比猴子傳代快得多，積累數據的速度也快。當然新冠的宿主是人，只能觀察，不可以主動實驗。
Forwarded from cmp0xff
https://weibo.com/1657987915/IvIEskidH
頭一次注意到epidemic和pandemic的區別。。。 ἐπί (epí, “upon”) + δῆμος (dêmos, “people”)和πᾶν (pân, “all”) (equivalent to English pan-) + δῆμος
頭一次注意到epidemic和pandemic的區別。。。 ἐπί (epí, “upon”) + δῆμος (dêmos, “people”)和πᾶν (pân, “all”) (equivalent to English pan-) + δῆμος
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美专家：#当前或处于全球疫情大爆发边缘#... 来自财富中文网 - 微博
【美专家：#当前或处于全球疫情大爆发边缘#，遏制疫情越来越取决于中国之外国家的能力】美国国家过敏与传染病研究院主任安东尼·弗契博士接受采访表示，当前我们或处于新冠肺炎疫情全球大爆发的边缘，日本和韩国已...
Marcus JH (2020) Genetic history from the Middle Neolithic to present on the Mediterranean island of Sardinia
撒丁島古DNA文章 https://www.nature.com/articles/s41467-020-14523-6.pdf
撒丁島古DNA文章 https://www.nature.com/articles/s41467-020-14523-6.pdf
看演化樹（ https://www.gisaid.org/epiflu-applications/next-sars-cov2-app/ ）講幾個病毒發展的線索：
2月29号美國華盛頓州的首例死亡（上面紅色點）是從美國首例確診的1月15日來自武漢的病例這一支發展來的，這支有C18060T突變（不在武漢主爆發簇之下）。說明這支有可能一直在華盛頓州當地傳播。
鑽石公衆号日本新上傳的兩支，其中有一個樣本在武漢主爆發簇基礎上僅有T8782C突變，而香港査出的鑽石公衆号首例確診的老伯還多出一個突變。因爲一般我們認爲簡單發生回覆突變而不影響其餘所有位點的概率極小，說明香港老伯並非鑽石公主号的0号病人，而可能是在鑽石公主号上傳染的。
加拿大截獲的首例伊朗樣本在鑽石公主簇的下游，也有T8782C突變。
德國1月28号在巴伐利亞確診的首例已距武漢大爆發簇有3個鹼基的突變（C241T,C3037T,A23403G），也許由Webasto公司的一名員工在1月21日之前從武漢帶去，而最近兩天從德國及巴西截獲的來自意大利的樣本均出自這支。看來這支也在歐洲傳了一個月了（但爲什麼在意大利傳得這麼快？）
2月29号美國華盛頓州的首例死亡（上面紅色點）是從美國首例確診的1月15日來自武漢的病例這一支發展來的，這支有C18060T突變（不在武漢主爆發簇之下）。說明這支有可能一直在華盛頓州當地傳播。
鑽石公衆号日本新上傳的兩支，其中有一個樣本在武漢主爆發簇基礎上僅有T8782C突變，而香港査出的鑽石公衆号首例確診的老伯還多出一個突變。因爲一般我們認爲簡單發生回覆突變而不影響其餘所有位點的概率極小，說明香港老伯並非鑽石公主号的0号病人，而可能是在鑽石公主号上傳染的。
加拿大截獲的首例伊朗樣本在鑽石公主簇的下游，也有T8782C突變。
德國1月28号在巴伐利亞確診的首例已距武漢大爆發簇有3個鹼基的突變（C241T,C3037T,A23403G），也許由Webasto公司的一名員工在1月21日之前從武漢帶去，而最近兩天從德國及巴西截獲的來自意大利的樣本均出自這支。看來這支也在歐洲傳了一個月了（但爲什麼在意大利傳得這麼快？）