#Covid19 #新冠 #北京 #風險等級
2020.06.16 更新。根據疫情風險等級査詢网站， http://bmfw.www.gov.cn/yqfxdjcx/index.html 今日崇文永定門外街道；豐臺豐臺街道、南苑鄉；大興魏善莊鎭；門頭溝永定鎭5個鄉/鎭/街道升爲中風險地區。（宣武的廣安門外街道已經有天陶紅蓮菜市場爆出來了，但仍爲低風險地區。）
更新地圖如下。除北京市全圖中未分街道的城六區部分，若全區爲低風險爲灰色，全區有中高風險地區則按紅、黃、綠染色。
需要注意，底圖和邊界是2006年的（Zansa版），大興區的鄉/鎭/街道有較大調整。底圖如果要把邊界和文字全更新，工作量有點兒大，先放棄了。
但與昨天不同的是，我今天的塗色沒有完全按底圖的邊界，而是參攷了网友提供的新地圖，按照現在的區劃塗色的（對於花鄉鄉和新村街道這種管區重合、轄區不一致的還是沒法解決）。
2020.06.16 更新。根據疫情風險等級査詢网站， http://bmfw.www.gov.cn/yqfxdjcx/index.html 今日崇文永定門外街道；豐臺豐臺街道、南苑鄉；大興魏善莊鎭；門頭溝永定鎭5個鄉/鎭/街道升爲中風險地區。（宣武的廣安門外街道已經有天陶紅蓮菜市場爆出來了，但仍爲低風險地區。）
更新地圖如下。除北京市全圖中未分街道的城六區部分，若全區爲低風險爲灰色，全區有中高風險地區則按紅、黃、綠染色。
需要注意，底圖和邊界是2006年的（Zansa版），大興區的鄉/鎭/街道有較大調整。底圖如果要把邊界和文字全更新，工作量有點兒大，先放棄了。
但與昨天不同的是，我今天的塗色沒有完全按底圖的邊界，而是參攷了网友提供的新地圖，按照現在的區劃塗色的（對於花鄉鄉和新村街道這種管區重合、轄區不一致的還是沒法解決）。
#Covid19 #新冠 #北京 #風險等級
2020.06.17 更新。根據疫情風險等級査詢网站， http://bmfw.www.gov.cn/yqfxdjcx/index.html 今日東城北新橋街道、和平里街道；豐臺長辛店街道（和長辛店鎭的界線査不到，但後者爲低風險）；大興青雲店鎭；宣武白紙坊街道5個鄉/鎭/街道升爲中風險地區。
更新地圖如下。除北京市全圖中未分街道的城六區部分，若全區爲低風險爲灰色，全區有中高風險地區則按紅、黃、綠染色。
需要注意，底圖和邊界是2006年的（Zansa版），大興區的鄉/鎭/街道有較大調整，但塗色是盡量按現在的邊界。
2020.06.17 更新。根據疫情風險等級査詢网站， http://bmfw.www.gov.cn/yqfxdjcx/index.html 今日東城北新橋街道、和平里街道；豐臺長辛店街道（和長辛店鎭的界線査不到，但後者爲低風險）；大興青雲店鎭；宣武白紙坊街道5個鄉/鎭/街道升爲中風險地區。
更新地圖如下。除北京市全圖中未分街道的城六區部分，若全區爲低風險爲灰色，全區有中高風險地區則按紅、黃、綠染色。
需要注意，底圖和邊界是2006年的（Zansa版），大興區的鄉/鎭/街道有較大調整，但塗色是盡量按現在的邊界。
#covid19
中國疾控中心這次上傳的三條新發地市場相關數據，患者的NMDC60013902-01、NMDC60013903-02以及環境的NMDC60013903-03，在GISAID（ https://www.gisaid.org/ ）和 nextstrain （ https://nextstrain.org/ncov/global?c=country&m=div ）网站上編号爲 IVDC-01（圖1）、IVDC-02和IVDC-03（圖2），我看了上傳信息，均爲新發地市場，所以雖然編号不同，應該就是這幾個樣本。IVDC-01是53歲男性患者，IVDC-02是25歲男性患者，IVDC-03是環境樣本拭子，沒說具體是什麼。三個樣本的收集日期寫的都是2020-06-11。這樣IVDC-01應該就是在西城區頭一位被確診的大爺身上採到的。
從大的分支來說，這一支就是武漢華南市場爆發簇的下游，即歐洲主簇的下游。這個歐洲主簇，也就是A23403G突變，引起了S蛋白氨基酸D614G突變的那個，在nextstain上目前稱作20A支系，圖3，最早於2020年2月下旬發現，應該就是在意大利北部主要流行的那支。然後新發地這幾個序列又是在28881-28883這連續三個鹼基突變的下游（20B支系）。（圖4的紅圈爲這三個樣本）因此從大的演化來看，確實很大可能新發地的病毒是從歐洲傳來的。
然後繼續看最末端的分化，從20B的星簇下來，所有新發地的樣本都在一個小支系裏面（圖5），三個樣本的序列都不一樣，相互差了2個鹼基。西城大爺IVDC-01和環境樣本IVDC-03都離25歲男性樣本IVDC-02有了進一步的兩個突變。如果這幾個樣本序列沒有經過篩選，而是隨機採樣，根據突變率及上游節點時閒猜測，這一支系在新發地流行，少說有半個多月，多則可能有3個多月（20B這支星簇上最早的奧地利樣本是2月24号採樣，僅和IVDC-02相差一步突變）。假如三個樣本的序列完全相同，那說明流傳時閒應該不久，但從現在樹形來看，IVDC-02到IVDC-01和IVDC-03中閒應該至少還有一個患者，也可能是很多代患者，這樣在新發地流行的時閒不會短了。
中國疾控中心這次上傳的三條新發地市場相關數據，患者的NMDC60013902-01、NMDC60013903-02以及環境的NMDC60013903-03，在GISAID（ https://www.gisaid.org/ ）和 nextstrain （ https://nextstrain.org/ncov/global?c=country&m=div ）网站上編号爲 IVDC-01（圖1）、IVDC-02和IVDC-03（圖2），我看了上傳信息，均爲新發地市場，所以雖然編号不同，應該就是這幾個樣本。IVDC-01是53歲男性患者，IVDC-02是25歲男性患者，IVDC-03是環境樣本拭子，沒說具體是什麼。三個樣本的收集日期寫的都是2020-06-11。這樣IVDC-01應該就是在西城區頭一位被確診的大爺身上採到的。
從大的分支來說，這一支就是武漢華南市場爆發簇的下游，即歐洲主簇的下游。這個歐洲主簇，也就是A23403G突變，引起了S蛋白氨基酸D614G突變的那個，在nextstain上目前稱作20A支系，圖3，最早於2020年2月下旬發現，應該就是在意大利北部主要流行的那支。然後新發地這幾個序列又是在28881-28883這連續三個鹼基突變的下游（20B支系）。（圖4的紅圈爲這三個樣本）因此從大的演化來看，確實很大可能新發地的病毒是從歐洲傳來的。
然後繼續看最末端的分化，從20B的星簇下來，所有新發地的樣本都在一個小支系裏面（圖5），三個樣本的序列都不一樣，相互差了2個鹼基。西城大爺IVDC-01和環境樣本IVDC-03都離25歲男性樣本IVDC-02有了進一步的兩個突變。如果這幾個樣本序列沒有經過篩選，而是隨機採樣，根據突變率及上游節點時閒猜測，這一支系在新發地流行，少說有半個多月，多則可能有3個多月（20B這支星簇上最早的奧地利樣本是2月24号採樣，僅和IVDC-02相差一步突變）。假如三個樣本的序列完全相同，那說明流傳時閒應該不久，但從現在樹形來看，IVDC-02到IVDC-01和IVDC-03中閒應該至少還有一個患者，也可能是很多代患者，這樣在新發地流行的時閒不會短了。
而且更奇怪的是IVDC-02的下游多一個突變還有個臺灣桃源樣本CGMH-CGU-13，是3月17号採樣，不知道是不是機場入境的採樣。樣本也在文章上發表過了，在 https://www.tandfonline.com/doi/figure/10.1080/22221751.2020.1782271 ，但文章沒有寫明該病毒攜帶者的病毒來源。現在疑惑的就是，新發地和臺灣這個樣本是各自偶然產生了C6026T這一突變，還是新發地的老樣本傳染到了臺灣（因爲臺灣樣本在新發地IVDC-02樣本的下游），還是有某個已有C6026T突變的病毒至少3月中以前即已產生，潛伏在什麼地方，先傳了臺灣被發現，後來又過了2個多月纔又在新發地被發現。
總歸這幾條序列說明新冠病毒可能早則3月初（通過上游和臺灣的序列和時閒推算），最晚5月中（按突變率估的下限）已經在新發地流行。防控的盲點還是不少的，但同時也說明想防眞的是很難。
總歸這幾條序列說明新冠病毒可能早則3月初（通過上游和臺灣的序列和時閒推算），最晚5月中（按突變率估的下限）已經在新發地流行。防控的盲點還是不少的，但同時也說明想防眞的是很難。
Tandfonline
Figures & data: SARS-CoV-2 genomic surveillance in Taiwan revealed novel ORF8-deletion mutant and clade possibly associated with…
Figures and data for SARS-CoV-2 genomic surveillance in Taiwan revealed novel ORF8-deletion mutant and clade possibly associated with infections in Middle East
The_Severe_Covid_19_GWAS_Group_2020_Genomewide_Association_Study.pdf
1.4 MB
新英格蘭的一篇全基因組關聯硏究顯示新冠易感性與基因組兩個區段相關，包括ABO血型。A型相對更易感，而O型有保護作用。
#Covid19 #北京
圖1中灰色爲全區低風險；圖2中遠郊區爲灰色的爲全區低風險。某區有中、高風險則按街道塗色爲綠、黃、紅色。
升爲高風險：豐臺新村街道（管片和花鄉重合）、大興黃村鎭（分三片）
升爲中風險：豐臺長辛店街道（管片和長辛店鎭大致重合，但詳見 baiqitun_cn 的說明）、右安門街道；大興安定鎭；海淀八里莊街道；通州北苑街道。
今天聽說有人坐車途徑高風險地區，健康碼就變爲有問題了（不知道是否會恢復）。發這個地圖的意義不是說你即使只是坐車途經這些地區就有高感染風險了。而是說如果你如果要經過這些高風險區，但只是途經的話，提前査一下地圖路線，進入區域前把手機關機或調成飛行模式，以免給自己造成麻煩。
（剛犯了一個錯誤，國務院不認新成立的楊莊街道，所以還是按之前的北苑街道塗色了。）
圖1中灰色爲全區低風險；圖2中遠郊區爲灰色的爲全區低風險。某區有中、高風險則按街道塗色爲綠、黃、紅色。
升爲高風險：豐臺新村街道（管片和花鄉重合）、大興黃村鎭（分三片）
升爲中風險：豐臺長辛店街道（管片和長辛店鎭大致重合，但詳見 baiqitun_cn 的說明）、右安門街道；大興安定鎭；海淀八里莊街道；通州北苑街道。
今天聽說有人坐車途徑高風險地區，健康碼就變爲有問題了（不知道是否會恢復）。發這個地圖的意義不是說你即使只是坐車途經這些地區就有高感染風險了。而是說如果你如果要經過這些高風險區，但只是途經的話，提前査一下地圖路線，進入區域前把手機關機或調成飛行模式，以免給自己造成麻煩。
（剛犯了一個錯誤，國務院不認新成立的楊莊街道，所以還是按之前的北苑街道塗色了。）