Ivan Begtin
8.03K subscribers
1.75K photos
3 videos
101 files
4.45K links
I write about Open Data, Data Engineering, Government, Privacy, Digital Preservation and other gov related and tech stuff.

Founder of Dateno https://dateno.io

Telegram @ibegtin
Facebook - https://facebook.com/ibegtin
Secure contacts ivan@begtin.tech
Download Telegram
В рубрике как это устроено у них портал открытых данных провинции Центральная Ява в Индонезии [1]. Отличается каким-то неимоверным числом опубликованных датасетов, там их чуть менее 200 тысяч что, конечно, очень много. Для сравнения на портале открытых данных США Data.gov всего опубликовано 300 тысяч датасетов. А тут всего одна провинция, да ещё и в Индонезии.

При этом, там почти нет геоданных или научных данных, зато бесконечное число файлов статистики и Excel файлов. Такое ощущение что они просто обыскали все компьютеры и выложили все найденные Excel файлы, сконвертировав некоторые из них в CSV.

Это пример того почему я говорил что сделать национальный портал открытых данных и быстро его наполнить вообще несложно. Сложно сделать его полезным.

Ссылки:
[1] https://data.jatengprov.go.id/dataset/

#opendata #indonesia #centraljava #datacatalogs
Ivan Begtin
В рубрике как это устроено у них портал открытых данных провинции Центральная Ява в Индонезии [1]. Отличается каким-то неимоверным числом опубликованных датасетов, там их чуть менее 200 тысяч что, конечно, очень много. Для сравнения на портале открытых данных…
Крупнейшие порталы открытых данных в мире, по критерию количества (не физического объёма) открытых данных и с более чем 100 тысячами наборов данных.

Открытые данные

- data.europe.eu - портал открытых данных Евросоюза, данные структур ЕС и агрегатор данных входящих в ЕС стран
- data.gov - национальный портал открытых данных США
- data.jatengprov.go.id портал открытых данных провинции Центральная Ява, Индонезия
- datos.gob.es - портал открытых данных Испании
- www.govdata.de - портал открытых данных Германии

Научные данные
- explore.openaire.eu - портал раскрытия результатов исследований в Европейском союзе, разные формы результатов, включая наборы данных
- zenodo.org - портал для раскрытия научных данных от CERN
- data.mendeley.com - портал агрегатор научных данных от Elsevier. Лукавят с числами, реально наборов данных значительно меньше заявленных 31 миллиона, поскольку за датасеты выдают, в том числе, отдельные машиночитаемые записи. Но несколько миллионов наборов данных точно есть.
- figshare.com - платформа и агрегатор научных данных от Digital Science

Геоданные

- data.amerigeoss.org - портал геоданных сообщества AmeriGEO, включающего все страны северной, центральной и южной америк
- hub.arcgis.com - платформа и агрегатор открытых данных от компании ArcGIS
- metadaten.geoportal-bw.de портал геоданных земли Baden-Wurttemberg в Германии
- geo.btaa.org - большой геопортал альянса университетов в США, чуть-чуть недотягивает до 100 тысяч датасетов
- atom.cuzk.cz - портал геоданных Чешского кадастра
- catalogue.geo-ide.developpement-durable.gouv.fr - каталог геоданных Франции


Данные для обучения ИИ
- www.kaggle.com - крупнейший каталог наборов данных для обучения ИИ
- huggingface.co - второй после Kaggle и стремительно набирающий популярность (и данные) каталог данных для обучения ИИ

Статистика
- data.worldbank.org - более 4-х миллионов индикаторов в системе Всемирного Банка, если рассматривать их в привязке к странам и территориям. Неочевидно если смотреть индикаторы на сайте, выясняется при использовании их API
- data.bis.org - многочисленные индикаторы банка международных расчётов
- data.ecb.europa.eu - огромное число индикаторов Европейского центрального банка


#opendata #datacatalogs #bigdata
А вот и свежие новости о Dateno. Мы привлекли раунд инвестиций в рамках которого в ближайшее время планируем запустить API, значительно увеличить поисковый индекс и добавить немало новых возможностей которые сейчас в разработке, а это и функции ИИ, и значительная работа по улучшению качества и полноты поиска. А также, что немаловажно, мы добавим в поиск немало данных связанных с web3 и blockchain.

#opendata #dateno #datasearch #investment #ai #blockchain #web30
В рубрике как это устроено у них открытые данные в Великобритании. Самый очевидный опыт когда дело касается открытых данных. Один из эпицентров движухи про открытые данные в мире был именно в Великобритании и один из первых порталов государственных открытых данных data.gov.uk также появился именно там.

Сейчас там 67 тысяч наборов данных и сам портал выглядит если не запущенным, то точно не развивающимся уже несколько лет. Особенно если сравнить с общеевропейским порталом data.europe.eu или порталом открытых данных Франции data.gouv.fr.

Малоизвестная широкой публике особенность открытости данных в Великобритании - это огромное число академических порталов раскрытия данных. Фактически данные публикуются всеми исследовательскими центрами и университетами, либо в общих порталах открытого доступа и раскрытия research outputs, либо на специальных порталах с research data.

Параллельно с этим в Великобритании существует множество порталов открытых данных городов и отдельных графств, множество геопорталов и тд. В реестре Dateno сейчас 382 каталога данных страны и почти наверняка есть ещё неучтённые. Из каталогов которые можно выделить:

Открытые данные
- Resource Data https://www.resourcedata.org

Геоданные
- NERC Geonetwork https://csw-nerc1.ceda.ac.uk/geonetwork/
- CEDA Geonetwork https://csw.ceda.ac.uk/geonetwork

Научные данные
- British Antarctic Survey Data https://data.bas.ac.uk

#opendata #datasets #uk #datacatalogs
17-18 сентября я буду в Алма-Ата, в Казахстане, какое-то число встреч встреч уже запланировано, если задумаете со мной там пересечься, напишите.

А пока об открытых данных в Казахстане я неоднократно тут писал, в стране довольно контрастная ситуация когда одновременно есть портал данных data.egov.kz который хоть и называется порталом открытых данных, но по факту ничего открытого там нет. И параллельно существует геопортал НИПД где как раз именно открытые данные, но только пространственные и в отличие от data.egov.kz он сделан на типовом ПО GeoNode как раз предназначенном для раскрытия геоданных.

А главная особенность Казахстана в большом числе региональных геопорталов сделанных местными компаниями и, соответственно, на которых слои карт отдаются в каких-то собственных форматах вместо общепринятых.

И отдельно, важная тема, в Казахстане практически нет практики публикации научных данных. Либо эта культура ещё не сформировалась, либо публикация данных идёт только на зарубежных ресурсах

В целом ощущения что данных много, систематизации мало, а проекты вроде data.egov.kz правильнее было бы закрыть или радикально переделать.

#opendata #datasets #datacatalogs #kazakhstan
В рубрике интересных каталогов данных малоизвестных за пределами своих отраслей GBIF (Global Biodiversity Information Facility) [1] портал для публикации данных о встреченных видах в рамках исследований биоразнообразия.

Сейчас на портале более 108 тысяч наборов данных о 7.7 миллионах видах и чуть менее 3 миллиардах упоминаний о случаях встречи с ними (occurrences). Помимо информации о видах и датасетах там есть профили стран и можно найти данные даже по очень экзотическим территориям или по известным странам с большой подробностью.

Вот профиль с датасетами и животными Армении [2] и, например, если Вы интересовались есть ли в Армении медведи. Да, есть;) [3]

Почти все материалы в GBIF опубликованы под лицензиями CC-BY и CC0.

Это бесценный источник ресурсов для обучения распознавания изображений животных и их следов.

Ссылки:
[1] https://www.gbif.org
[2] https://www.gbif.org/country/AM/summary
[3] https://www.gbif.org/occurrence/4436343743

#opendata #biodiversity #openaccess
Команда OpenAIRE пишет про партнёрство с лабораторией SCImago [1], командой которая создала несколько продуктов по оценке и рэнкингу научных институций и стран. Кстати, если Вы не видели их рейтинг стран по научным публикациям, то стоит взглянуть [2] и, кстати, картинка о состоянии российской науки, вернее падения её интеграции в мировую и цитируемости. Я это комментировать не буду, уверен что найдутся те кто может объяснить эти процессы лучше меня.

Так вот партнёрство OpenAIRE и SCImago упоминается в контексте исследовательских данных и логично будет если вскоре появятся аналитические и визуальные продукты именно по публикации и доступности научных данных. Это будет любопытно.

Правда, важно всегда помнить что качество метаданных в индексе OpenAIRE не очень высокое, но точно выше чем в DataCite или в китайском ScienceDB.

Ссылки:
[1] https://www.openaire.eu/openaire-and-scimago-lab-unite-to-enhance-scholarly-research-data
[2] https://www.scimagojr.com/countryrank.php
[3] https://www.scimagojr.com/countrysearch.php?country=RU

#opendata #openaccess #openaire #europe #rankings
Давно размышляю о том как в научной среде публикуют данные и насколько всё зависит от научной дисциплины. В разных науках подход, инструменты, культура работы с данными и их доступность существенно отличаются.

Например, особняком идёт всё что касается life sciences особенно в части биоинформатики. Практически все исследования там, или создают данные, или используют и ссылаются на данные, или то и другое. Фактически это огромная связанная инфраструктура через стандарты, идентификаторы, специальные платформы и специализированные платформы и базы данных. Собственный мир развивающийся по собственным правилам.

Второй похожий блок - это науки о Земле включая климатологию, метеорологию, геофизику, науки о морях и океанах. По внутренним ощущениям там не так всё технологизировано, вернее, несколько консервативнее, но также это собственная экосистема.

Особняком данные связанные с ИИ, одна из областей где коммерческих данных может быть больше чем научных. Большая часть из них сконцентрированы в Kaggle и Hugging Face.

И отдельная история - это экономика, социальные науки, гуманитарные науки, госуправление и тд. Там данные если публикуются то скорее рассматриваются как один из результатов научной деятельности. Вот они публикуются, или на тех же ресурсах что и научные статьи, или на специализированных научных порталах общего типа.

Всё это сильно влияет на то как собирать данные, что считать датасетами, объём собираемых данных и так далее.

К примеру, сбор научных данных из репозиториев научных результатов - это, часто, поиск иголки в стоге сена. Не все научные репозитории поддерживают API и фильтрацию результатов по типу содержимого. Из репозиториев на базе DSpace, к примеру, надо вначале извлечь всё, а потом уже процеживать их по множеству критериев чтобы вытащить датасеты. Из 1 миллиона таких научных результатов, то что является датасетами будет 50-60 тысяч записей.

Возникает ситуация когда можно собирать научные данные и в процессе приходится ещё множество метаданных других научных работ и поисковик/поисковый индекс по научным работам получается автоматически. Как бы естественно. Но делать, его, вряд ли осмысленно поскольку таких поисковиков множество.

#thoughts #datasearch #openaccess #opendata
В рубрике как это устроено у них, поисковик по биомедицинским датасетам DataMed [1], создан в Университете Калифорнии, Сан Диего, на грант 10 миллионов USD [2] от Национального института здравоохранения США и других грантодающих организаций.

С одной стороны, это действительно поисковик, с 49 проиндексированными репозиториями, 4-мя фасетами и 1.2 миллионами датасетов, а с другой стороны...

Из этих репозиториев топ 4 содержат 1 миллион датасетов, более 83% и, в целом, если пройтись по сайтам этих топ 4 репозиториев: ClinicalTrials, Gene Expression Omnibus, NeuroMorpho, Zenodo то их поиск содержит гораздо больше возможностей.

Кроме того сами особенности индексируемых данных учитываются, как бы сказать, никак.

Не выглядит, конечно, как продукт за 10 миллиона долларов, но даже в таком виде любопытен и потенциально полезен.

И конечно, это не поисковик, а по сути агрегатор репозиториев. Главное отличие поисковика по данным и агрегатора, в том что агрегатор создан быть проиндексированным поисковыми системами и у каждого датасета есть отдельная индексируемая страница. А поисковик не предполагает что его будут индексировать другие поисковики.

Ссылки:
[1] https://datamed.org
[2] https://reporter.nih.gov/project-details/1U24AI117966-01

#opendata #datasets #datasearch #datacatalogs #healthcare #bioinformatics
NASA Space Apps Challenge 2024 [1] проходит в этом году по всему миру и включает множество локальных мероприятий, в том числе на постсоветском пространстве, за исключением России, Беларуси, Киргизии и Армении [2]. Почему не проходят в Киргизии я не знаю, удивительно что нет в Армении, чувствую надо было самим организовать, а не думать что кто-то из околокосмической тусовки это сделает.

У НАСА на хакатоне есть набор задач [3], большая часть которых связаны с данными, например, по задаче Landsat Reflectance Data: On the Fly and at Your Fingertips, множество ссылок на открытые данные в KML, Shapefile и других [4].

Для тех кто учится и находится в странах где есть местные события этого глобального хакатона - это отличная возможность потренировать навыки в работе с данными и сделать что-то полезное.

Ссылки:
[1] https://www.spaceappschallenge.org/nasa-space-apps-2024/
[2] https://www.spaceappschallenge.org/nasa-space-apps-2024/2024-local-events/
[3] https://www.spaceappschallenge.org/nasa-space-apps-2024/challenges/
[4] https://www.spaceappschallenge.org/nasa-space-apps-2024/challenges/landsat-reflectance-data-on-the-fly-and-at-your-fingertips/?tab=resources

#opendata #hackathons #space #nasa
В рубрике доступных, но недокументированных открытых данных которые. по хорошему, российское Минэкономразвития должно было бы публиковать на портале открытых данных если бы он был, геоданные инвестиционной карты РФ [1] хотя никак не обозначены и не документированы публично тем не менее доступны через интерфейсы API опенсорс продукта GeoServer который используется внутри этого портала. Разработчики закрыли интерфейс самого геосервера, но закрыть интерфейсы API невозможно без глубокой переделки сайта, поскольку именно с сайта слои автоматически подгружаются. Поэтому и рассказать об этом можно без опасений, API исчезнут только если исчезнет сам портал.

- https://investmapapi.economy.gov.ru/geoserver/ows?service=WMS&version=1.1.1&request=GetCapabilities - WMS 1.1.1
- https://investmapapi.economy.gov.ru/geoserver/ows?service=WMS&version=1.3.0&request=GetCapabilities - WMS 1.3.0
- https://investmapapi.economy.gov.ru/geoserver/ows?service=WFS&version=1.0.0&request=GetCapabilities - WFS 1.0.0
- https://investmapapi.economy.gov.ru/geoserver/ows?service=WFS&version=1.1.0&request=GetCapabilities - WFS 1.1.0
- https://investmapapi.economy.gov.ru/geoserver/ows?service=WFS&version=2.0.0&request=GetCapabilities - WFS 2.0.0
- https://investmapapi.economy.gov.ru/geoserver/ows?service=WCS&version=1.0.0&request=GetCapabilities - WCS 1.0.0
- https://investmapapi.economy.gov.ru/geoserver/ows?service=WCS&version=1.1.0&request=GetCapabilities - WCS 1.1.0
- https://investmapapi.economy.gov.ru/geoserver/ows?service=WCS&version=1.1.1&request=GetCapabilities - WCS 1.1.1
- https://investmapapi.economy.gov.ru/geoserver/ows?service=WCS&version=1.1&request=GetCapabilities - WCS 1.1
- https://investmapapi.economy.gov.ru/geoserver/ows?service=WCS&version=2.0.1&request=GetCapabilities - WCS 2.0.1
- https://investmapapi.economy.gov.ru/geoserver/ows?service=WPS&version=1.0.0&request=GetCapabilities - WPS 1.0.0
- https://investmapapi.economy.gov.ru/geoserver/gwc/service/tms/1.0.0 - TMS. 1.0.0
- https://investmapapi.economy.gov.ru/geoserver/gwc/service/wms?request=GetCapabilities&version=1.1.1&tiled=true - WMTS 1.1.1
- https://investmapapi.economy.gov.ru/geoserver/gwc/service/wmts?REQUEST=GetCapabilities - WMTS 1.0.0

Этот пример не единственный, в России общедоступных инсталляций GeoServer 12 штук, на сегодняшний день. Это немного, но они есть.

Ссылки:
[1] https://invest.gov.ru

#opendata #russia #datasets #geodata #spatial
В рубрике популярных каталогов данных OpenSDG [1] просто ПО с открытым кодом используемое статистическими службами многих стран для публикации индикаторов устойчивого развития.

Особенность OpenSDG в том что это открытый код [2] профинансированный статслужбами Великобритании и США и разработанный в CODE [3], The Center for Open Data Enterprise.

Из-за простоты и бесплатности его как раз и используют, например, статслужба Армении [4], Конго [5], Великобритании [6] и ещё пара десятков стран и множество городов [7].

OpenSDG нельзя назвать полноценным порталом данных, скорее порталом индикаторов. Причём без стандартизированного API, но со стандартизированной выгрузкой всех индикаторов целиком и некоторым псевдо API для доступа к данным индикаторов.

Ссылки:
[1] https://open-sdg.org
[2] https://github.com/open-sdg/open-sdg
[3] https://www.opendataenterprise.org/
[4] https://sdg.armstat.am
[5] https://odd-dashboard.cd
[6] https://sdgdata.gov.uk
[7] https://open-sdg.org/community

#opendata #datacatalogs #opensdg #statistics
Я, кстати, в очередной раз могу сказать что открытые данные - это, в первую очередь, культура и систематизация работы с данными. Так сложилось что я регулярно работаю с большими базами документов порождённых органами власти. Не с отдельными файлами, а прям с копиями банков документов законов и других НПА. И огромная часть этих НПА - это, безусловно, то что должно быть доступно в виде данных, а не в виде отсканированных PDF документов.

Если бы официальные документы все и всеми публиковались бы с приложениями, хотя бы в виде Excel файлов, то доступных данных было бы гораздо больше.

Например из десятков тысяч документов опубликованных органами власти г. Москвы на оф сайте mos.ru, как минимум несколько тысяч - это очень большие таблицы, в сотни и тысячи страниц опубликованные как сканы. Если бы их публиковали иначе, то то же Правительство Москвы могло бы публиковать не несколько сотен, а несколько тысяч наборов данных, потенциально весьма востребованных к тому же.

Это просто пример, он справедлив к отношении практически всех органов власти, особенно крупных стран и территорий.

А я об этом задумался ещё давно в контексте того что поиск по данным может начинаться как поиск по каталогам данных и индексированием того что уже машиночитаемо, а продолжаться охватывая то что ещё не машиночитаемо, но может стать таковым. Чтобы проиндексировать каталог данных, надо сделать этот каталог данных (с).

#opendata #datasets #laws #datacatalogs
В рубрике больших интересных наборов данных Global Biodiversity Data [1] набор открытых данных по биоразнообразию собранный из нескольких научных работ и опубликованный в каталоге данных Всемирного банка.

Датасет относительно небольшой, около 2.2 ГБ в сжатом виде и содержит георазмеченные сведения по встречаемости различных видов.

О нём в августе писали в блоге Всемирного банка [2] и датасет полезен всем кто хочет изучить животный и растительный мир своей страны. Буквально годится для работы школьников на хакатонах например, но язык только английский.

Ссылки:
[1] https://datacatalog.worldbank.org/search/dataset/0066034/global_biodiversity_data
[2] https://blogs.worldbank.org/en/opendata/a-new-world-bank-database-to-support-a-new-era-in-biodiversity-c

#opendata #datasets #worldbank #biodiversity
В рубрике недокументированных API ещё один пример, реестр НПА Казахстана zan.gov.kz [1]. Хотя на сайте нет документации на это API, но оно существует и все материалы оттуда доступны в машиночитаемой форме.

- http://zan.gov.kz/api/documents/search - пример запроса поиска (требует POST запрос)
- http://zan.gov.kz/api/documents/200655/rus?withHtml=false&page=1&r=1726577683880 - пример запроса получения конкретного документа

Как Вы наверняка уже догадываетесь ни на портале данных Казахстана нет описания этого API и тем более на других ресурсах. Тем временем могу сказать что в одном только Казахстане под сотню недокументированных API, просто потому что разработчикам удобнее делать приложения используя Ajax, динамическую подгрузку контента и тд.

Каталоги API которые делаются в мире - это не такая уж странная штука, это один из способов предоставлять данные разработчикам.

Я завел отдельный тег #undocumentedapi и время от времени буду приводить примеры по разным странам.

Ссылки:
[1] http://zan.gov.kz

#opendata #data #kazakhstan #laws #api #undocumentedapi
В рубрике как это устроено у них Indian Data Portal [1] портал открытых данных созданный Bharti Institute of Public Policy, индийским исследовательским центром в области публичной политики.

Интересен тем что работает на собственном движке поверх каталога открытых данных CKAN. Сами данные хранятся в связанном с ним каталогом данных [2], а основной веб сайт использует API каталога данных для создания дополнительных фильтров при поиске данных, таких как гранулярность, сектор экономики, источник данных, частота обновления.

Данные исследователям доступны после авторизации и, в принципе, именно они являются аудиторией этого портала.

Это пример, использования CKAN как Data Management System (DMS), многие порталы данных в мире создавались по той же модели, когда CKAN используется как хранилище метаданных и данных, а над ним строятся разные интерфейсы.

Ссылки:
[1] https://indiadataportal.com/
[2] https://ckan.indiadataportal.com/

#opendata #datacatalogs #datasets #india
В рубрике интересных наборов и каталогов данных, источники данных по блокчейну, Web 3
- Blockсhair datasets [1] дампы всех основных криптовалют: Bitcoin, Bitcoin Cash, Zcash, ERC-20, Ethereum, Dogecoin, Litecoin в виде коллекции сжатых TSV файлов
- Bitcoin Blockchain Historical Data [2] датасет на Kaggle адаптированный под data science прямо на платформе, только Bitcoin
- AWS Public Blockchain Data [3] дампы блокчейнов Bitcoin и Ethereum сразу в формате parquet
- Google Cloud Blockchain Analytics [4] данные и интерфейс работы с ними для 24 разных криптовалют на платформе Google Cloud

Ссылки:
[1] https://blockchair.com/dumps
[2] https://www.kaggle.com/datasets/bigquery/bitcoin-blockchain
[3] https://registry.opendata.aws/aws-public-blockchain/
[4] https://cloud.google.com/blockchain-analytics/docs/supported-datasets

#opendata #datasets #data #datacatalogs
Вышла бета версия германской статистической системы GENESIS-Online используемой статслужбой страны для публикации индикаторов [1]. В целом удобно, но скорее консервативно чем современно.

Из плюсов:
- есть API
- есть выгрузка в CSV/XLSX
- всё достаточно быстро и удобно

Из минусов:
- документированное API требует регистрации и авторизации, недокументированное... недокументировано
- документированное API сделано предоставляет SOAP интерфейс, непонятно зачем в 2024 году
- нет поддержки SDMX
- нет массовой выгрузки, bulk download

В целом, это скорее даже удивительно насколько статистика ЕС удобнее в работе чем статистика Германии, по крайней мере инструментально.

Ссылки:
[1] https://www-genesis.destatis.de/datenbank/beta

#opendata #statistics #germany #datacatalogs #indicators
Для тех кто любит применять правильные термины, оказывается ещё в июле 2024 г. вышел словарь CODATA Research Data Management Terminology [1] с подборкой англоязычных терминов по управлению исследовательскими данными.

В принципе то термины там относительно универсальны, но определения даны через призму работу исследователей, поэтому корректно их воспринимать именно в контексте исследовательских данных, принципов FAIR и открытого доступа.

Например, определение открытых данных звучит как:

Data that are accessible, machine-readable, usable, intelligible, and freely shared. Open data can be freely used, re-used, built on, and redistributed by anyone – subject only, at most, to the requirement to attribute and sharealike.[2]

Этот словарь доступен через портал Research Vocabularies Australia [3] агрегатор и поисковик по всем словарям используемым в исследовательских целях в Австралии.

Ссылки:
[1] https://vocabs.ardc.edu.au/viewById/685
[2] http://vocabs.ardc.edu.au/repository/api/lda/codata/codata-research-data-management-terminology/v001/resource?uri=https%3A%2F%2Fterms.codata.org%2Frdmt%2Fopen-data
[3] https://vocabs.ardc.edu.au

#opendata #semanticweb #data #datacatalogs #terms
В рубрике как это устроено у них есть большая тема про доступность данных которую никак не уложить в короткий текст да и длинных текстов понадобится немало. Про инфраструктуру открытых данных в медицине, тесно переплетённую с идеей открытого доступа в науке.

Сразу всё сложно, можно подступиться к к отдельным её частям.

...
Значительная часть открытых данных связанных с медицинскими исследованиями в мире публикуется благодаря политике Национального института здравоохранения США (NIH). И связано это с тем что у NIH есть последовательная политика:
1. Вначале предпочтительности, а далее обязательности открытого доступа для всех финансируемых им исследований.
2. Последовательная политика поощрения создания и создания собственных репозиториев данных и иных результатов научной деятельности.
3. Прямые инвестиции в инфраструктуру создания, обработки, визуализации и систематизации данных научных исследований.

Примеры реализации этих политик в виде каталога репозиториев данных поддерживаемых NIH [1] причём эти репозитории разделяются на Generalist и Domain Specific. Первые - это репозитории данных как датасетов, такие как Zenodo или OSF. Вторые - это специализированные репозитории данных где единицей измерения/учёта/записи являются, как правило, не датасеты, а объекты научной деятельности к которым привязаны данные. Это могут быть репозитории исследований (studies), репозитории геномов (genomes) и так далее. Как правило эти репозитории содержат существенное число метаданных связанных с медициной/биоинформатикой/генетикой и перевязаны между собой кросс ссылками.

По мере нарастания критической массы разных проектов, а там реально очень много проектов на данных у NIH есть Common Fund Data Ecosystem (CFDE) [2] по интеграции существующих дата порталов и иных дата проектов общими правилами и конвейерами обработки данных. А сама эта инициатива существует в рамках The Common Fund в рамках которого как раз финансируется общая инфраструктура, важная для всех направлений исследований [3].

Медицина и, более широко, биоинформатика формируют собственную сложную экосистему репозиториев данных, инструментов, ключевых понятий и онтологий чем многие другие.

Реальные объёмы данных, количественные и качественные там поражают и одновременно, это область весьма замкнутого применения. Она как бы полностью в себе, как и большая часть научных дисциплин. Во всяком случае так это выглядит со стороны человека не вовлеченного в них напрямую.
...

Ссылки:
[1] https://www.nlm.nih.gov/NIHbmic/domain_specific_repositories.html
[2] https://commonfund.nih.gov/dataecosystem
[3] https://commonfund.nih.gov/current-programs

#opendata #medicine #openaccess #health #data