哺乳動物冠狀病毒.png
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把有記錄被感染冠狀病毒的哺乳動物在演化樹上標了一下，發現重災區還是在勞亞獸總目那邊，靈長目並不常見。圖源是Meredith RW (2011) Impacts of the Cretaceous Terrestrial Revolution and KPg Extinction on Mammal Diversification
#宋代擬定音
生査子 元夕
ʂə̀ŋ tʂà tsɯî ŋyɛ̄n zʱiə̇ʔ
歐陽修
ʔə̀u jiɑ̄ŋ siə̀u
去年元夜時 花市燈如晝
月到柳梢頭 人約黃昏後
今年元夜時 月與燈依舊
不見去年人 淚濕春衫袖
kʰyǔ niɛ̄n ŋyɛ̄n jiɛ́ ʒʱī
xuà ʒʱí tə̀ŋ ɹyū tʃiə̌u
ŋyɛ̇ʔ tɑ̌u liə̂u ʂɑ̀u dʱə̄u
ɹīn ʔiɔ̍ʔ ɣʱuɑ̄ng xuə̀n ɣʱə́u
kìm niɛ̄n ŋyɛ̄n jiɛ́ ʒʱī
ŋyɛ̇ʔ jyû tə̀ŋ ʔì giə́u
pə̍ʔ ciɛ̌n kʰyǔ niɛ̄n ɹīn
lyí ʃiə̍ʔ tʃʰyìn ʂàm zʱiə́u
宋代擬定音的說明見 https://www.bilibili.com/video/av39846005
本首詞的發音在我頻道 https://t.me/polyhedron 裏（需科學上网），我的聊天室在頻道裏面點Discuss進入。
生査子 元夕
ʂə̀ŋ tʂà tsɯî ŋyɛ̄n zʱiə̇ʔ
歐陽修
ʔə̀u jiɑ̄ŋ siə̀u
去年元夜時 花市燈如晝
月到柳梢頭 人約黃昏後
今年元夜時 月與燈依舊
不見去年人 淚濕春衫袖
kʰyǔ niɛ̄n ŋyɛ̄n jiɛ́ ʒʱī
xuà ʒʱí tə̀ŋ ɹyū tʃiə̌u
ŋyɛ̇ʔ tɑ̌u liə̂u ʂɑ̀u dʱə̄u
ɹīn ʔiɔ̍ʔ ɣʱuɑ̄ng xuə̀n ɣʱə́u
kìm niɛ̄n ŋyɛ̄n jiɛ́ ʒʱī
ŋyɛ̇ʔ jyû tə̀ŋ ʔì giə́u
pə̍ʔ ciɛ̌n kʰyǔ niɛ̄n ɹīn
lyí ʃiə̍ʔ tʃʰyìn ʂàm zʱiə́u
宋代擬定音的說明見 https://www.bilibili.com/video/av39846005
本首詞的發音在我頻道 https://t.me/polyhedron 裏（需科學上网），我的聊天室在頻道裏面點Discuss進入。
Bilibili
宋代漢語擬定發音解說_哔哩哔哩_bilibili
歡迎提出意見和問題。微博 @polyhedron國際音標入門： https://zhuanlan.zhihu.com/p/25092516, 视频播放量 18403、弹幕量 56、点赞数 538、投硬币枚数 369、收藏人数 688、转发人数 167, 视频作者 polyhedron古韻, 作者简介 ，相关视频：宋代漢語擬定音 李清照 聲聲慢，國際音標輔音_無解說，宋代漢語擬定音 稼軒長短句四首（菩薩蠻、西江月、青玉案、永遇樂），白居易 賣炭翁 中古漢語切韻音系+宋代漢語擬定音，探清水河 德雲社改編版 老國音演唱，中古漢語語音敎程…
本頻道 @polyhedron
本頻道的討論羣“polyhedron的半地穴式聊天室”，進入可點頻道下的 Discuss 或見本羣說明裏的鏈接。
另有博物館羣 @PakMyotKuanh
語言學聊天室 https://t.me/joinchat/AAAAAEJtLqLoQFGaSgNQ2w
分子人類學聊天室 @molanthrop
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#中古汉语拼音
黃鶴樓
ghuang ghak lu
崔顥
chuai ghaux
昔人已乘黃鶴去
siek njin jix zsjing ghuang ghak khioh,
此地空餘黃鶴樓
chiex diih khung jo ghuang ghak lu.
黃鶴一去不復返
ghuang ghak qjit khioh pyot biuk pyanx,
白雲千載空悠悠
brak yon chen caix khung ju ju.
晴川歷歷漢陽樹
zieng chjyen lek lek hanh jang zjyoh,
芳草萋萋鸚鵡洲
phyang chaux che che qreng myox cju.
日暮鄉關何處是
njit moh hiang kruan gha chjoh zjex,
煙波江上使人愁
qen pua krung zjangx srix njin zriu.
本詩押侯韻 u（樓）、尤韻 iu（悠、洲、愁）。平仄關係爲：
仄平仄平平仄仄
仄仄平平平仄平
平仄仄仄仄仄仄
仄平平仄平平平
平平仄仄仄平仄
平仄平平平仄平
仄仄平平平仄仄
平平平仄仄平平
其實在律詩裏面並不算絕對的工整，但也是千古名詩。
黃鶴樓
ghuang ghak lu
崔顥
chuai ghaux
昔人已乘黃鶴去
siek njin jix zsjing ghuang ghak khioh,
此地空餘黃鶴樓
chiex diih khung jo ghuang ghak lu.
黃鶴一去不復返
ghuang ghak qjit khioh pyot biuk pyanx,
白雲千載空悠悠
brak yon chen caix khung ju ju.
晴川歷歷漢陽樹
zieng chjyen lek lek hanh jang zjyoh,
芳草萋萋鸚鵡洲
phyang chaux che che qreng myox cju.
日暮鄉關何處是
njit moh hiang kruan gha chjoh zjex,
煙波江上使人愁
qen pua krung zjangx srix njin zriu.
本詩押侯韻 u（樓）、尤韻 iu（悠、洲、愁）。平仄關係爲：
仄平仄平平仄仄
仄仄平平平仄平
平仄仄仄仄仄仄
仄平平仄平平平
平平仄仄仄平仄
平仄平平平仄平
仄仄平平平仄仄
平平平仄仄平平
其實在律詩裏面並不算絕對的工整，但也是千古名詩。
完了，這回我眞看出問題了。還是序列比對，之前有個地方我沒注意，就是S蛋白(spike)中閒有一個內切位置，在病毒進入細胞後，蛋白內切酶把S蛋白切成兩個亞基，在很多冠狀病毒一般是由胰蛋白酶(trypsin)完成的，包括SARS等。
這次問題就是在這個內切位置上了。之前我比對序列的時候，沒有留意這個位置。而這個位置正好是Covid-19和其它所有毒株，包括與其最近的雲南蝙蝠冠狀病毒 RaTG13都不同的（穿山甲在這段和Covid-19更遠），而且這前後的序列相對都比較保守（圖1，第1條序列是Covid-19，第2條是雲南蝙蝠RaTG13，第6條是人SARS）。Covid-19插入了4個氨基酸殘基（PRRA，即脯氨酸-精氨酸-精氨酸-丙氨酸），而前後的序列相比RaTG13都沒有變化。4個殘基就是12個核苷酸鹼基，並不是一種很容易發生的突變。而這一突變正好造成了一個furin內切酶識別位點。
furin是一種蛋白內切酶，識別的蛋白序列爲RXXR（R是精氨酸，X是任一殘基）。PRRA加上後面緊跟着的R正好形成了furin識別位點。我覺得有問題的頭一點是在保守區引入了這樣一個插入，形成了識別位點。（之前我寫過一篇東西，說印度團隊的分析不靠譜，是因爲他們分析說有插入的地方太不保守，不同毒株什麼樣的長度都有。但這次是只有Covid-19與別的株不同。）因爲這個地方正好是切開兩個蛋白亞基，多兩個少兩個殘基一般並不很影響蛋白構象。
再看，這個位點會不會是被人有意引入的呢？結果發現，2009年眞就有人做過實驗了，發在PNAS上，就是把SARS在這個位置的RSTSQ變成了RRSRR，即引入了furin識別位點（原先是胰蛋白酶(trypsin)的識別位點）。結果發現病毒侵染效率提高了（圖2）。
所以，這個地方眞的很像人工設計的了。不過現在還沒有一個除這個位點以外其它部分都特別像Covid-19的母本病毒序列被公佈。
參攷文章：
李鑫 (2020) 武汉2019冠状病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点 http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00004
Wong MC (2020) Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.939207v1
Belouzard S (2009) Activation of the SARS coronavirus spike protein via sequential proteolytic cleavage at two distinct sites https://www.pnas.org/content/106/14/5871
這次問題就是在這個內切位置上了。之前我比對序列的時候，沒有留意這個位置。而這個位置正好是Covid-19和其它所有毒株，包括與其最近的雲南蝙蝠冠狀病毒 RaTG13都不同的（穿山甲在這段和Covid-19更遠），而且這前後的序列相對都比較保守（圖1，第1條序列是Covid-19，第2條是雲南蝙蝠RaTG13，第6條是人SARS）。Covid-19插入了4個氨基酸殘基（PRRA，即脯氨酸-精氨酸-精氨酸-丙氨酸），而前後的序列相比RaTG13都沒有變化。4個殘基就是12個核苷酸鹼基，並不是一種很容易發生的突變。而這一突變正好造成了一個furin內切酶識別位點。
furin是一種蛋白內切酶，識別的蛋白序列爲RXXR（R是精氨酸，X是任一殘基）。PRRA加上後面緊跟着的R正好形成了furin識別位點。我覺得有問題的頭一點是在保守區引入了這樣一個插入，形成了識別位點。（之前我寫過一篇東西，說印度團隊的分析不靠譜，是因爲他們分析說有插入的地方太不保守，不同毒株什麼樣的長度都有。但這次是只有Covid-19與別的株不同。）因爲這個地方正好是切開兩個蛋白亞基，多兩個少兩個殘基一般並不很影響蛋白構象。
再看，這個位點會不會是被人有意引入的呢？結果發現，2009年眞就有人做過實驗了，發在PNAS上，就是把SARS在這個位置的RSTSQ變成了RRSRR，即引入了furin識別位點（原先是胰蛋白酶(trypsin)的識別位點）。結果發現病毒侵染效率提高了（圖2）。
所以，這個地方眞的很像人工設計的了。不過現在還沒有一個除這個位點以外其它部分都特別像Covid-19的母本病毒序列被公佈。
參攷文章：
李鑫 (2020) 武汉2019冠状病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点 http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00004
Wong MC (2020) Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.939207v1
Belouzard S (2009) Activation of the SARS coronavirus spike protein via sequential proteolytic cleavage at two distinct sites https://www.pnas.org/content/106/14/5871
bioRxiv
Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019
A novel coronavirus (nCoV-2019) was the cause of an outbreak of respiratory illness detected in Wuhan, Hubei Province, China in December of 2019. Genomic analyses of nCoV-2019 determined a 96% resemblance with a coronavirus isolated from a bat in 2013 (RaTG13);…