#北京 #新发地 #测序
【中国公布北京新发地冠病基因组序列数据】
据中新网报道，中国疾病预防控制中心同时向世界卫生组织及全球共享流感数据倡议组织（GISAID）提交了基因组序列数据，向国际社会共享。(联合早报-中港台)(路透中文)
从时间上看，该病毒序列和其姐妹群的最近共同祖先报道时间大约是今年3月中旬，不算是一个新近突变产生的毒株。
这个毒株和它的几个关系较近的毒株是世界性分布，其中一支（红色箭头）为欧洲分布（图一最上面偏黄色的点），但随后在孟加拉有一个较大范围的传播和分化（图1中部蓝色的一片，中间红箭头所指）。我国这次疫情所处的是较早分化的一支（黄箭头所示），表明我国的毒株是在该毒株传入孟加拉前就已经产生的。所以说不算年轻。
但比较有意思的是我国本次病毒所在的最小分支，关系最近的居然是一个3月份就报道的发生在我国台湾的样本。其次另一个小分支上则分布在印度、冈比亚和智利，和我国毒株基因组有2~3个核苷酸差异。
从这个结果来看，更倾向于是东亚国家和地区之间的传播导致了此次北京疫情，尤其最近毒株是3月份在台湾出现过这个需要重视。(飞雪之灵)
【中国公布北京新发地冠病基因组序列数据】
据中新网报道，中国疾病预防控制中心同时向世界卫生组织及全球共享流感数据倡议组织（GISAID）提交了基因组序列数据，向国际社会共享。(联合早报-中港台)(路透中文)
从时间上看，该病毒序列和其姐妹群的最近共同祖先报道时间大约是今年3月中旬，不算是一个新近突变产生的毒株。
这个毒株和它的几个关系较近的毒株是世界性分布，其中一支（红色箭头）为欧洲分布（图一最上面偏黄色的点），但随后在孟加拉有一个较大范围的传播和分化（图1中部蓝色的一片，中间红箭头所指）。我国这次疫情所处的是较早分化的一支（黄箭头所示），表明我国的毒株是在该毒株传入孟加拉前就已经产生的。所以说不算年轻。
但比较有意思的是我国本次病毒所在的最小分支，关系最近的居然是一个3月份就报道的发生在我国台湾的样本。其次另一个小分支上则分布在印度、冈比亚和智利，和我国毒株基因组有2~3个核苷酸差异。
从这个结果来看，更倾向于是东亚国家和地区之间的传播导致了此次北京疫情，尤其最近毒株是3月份在台湾出现过这个需要重视。(飞雪之灵)
乌鸦观察
#上海 #疫情 #统计 #流调 【1206 2021年11-12月上海疫情相关和疑似相关病例：上海乃至华东或存在隐蔽传播链】 本文结合公开的流调信息制作了病例关系图，其中虚线部分为推测。文章在最后指出：需要高度警惕上海乃至华东地区依然存在隐蔽传播链的可能性。（新冠肺炎知识科普 @知乎）
image_2021-12-11_16-31-51.png
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#上海 #疫情 #统计 #流调 #测序
【国家卫健委：上海、浙江和江苏疫情病毒高度同源，为同一起关联疫情】
12月11日下午，国务院联防联控机制召开新闻发布会，介绍近期新冠肺炎疫情防控和疫苗接种工作有关情况。
上海、浙江和江苏三地疫情病例的病毒基因组序列高度同源，为同一起关联疫情。目前，上海疫情总体比较平稳，连续3天没有新增病例；浙江绍兴、宁波、杭州三地疫情发展较为迅速，病例间传播关系相对清晰，主要涉及家庭和人群聚集场所，相关风险区域管控和风险人员排查工作正在进行中。(央视新闻)
此前，浙江、宁波、杭州、南京、宜兴，在通报中均提及和“外省市”有关。
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21-12-06 2021年11-12月上海疫情相关和疑似相关病例：上海乃至华东或存在隐蔽传播链
21-12-07 浙江流调显示：镇海疫情为一起独立的疫情，与上虞、萧山疫情无本地关联
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12月11日下午，国务院联防联控机制召开新闻发布会，介绍近期新冠肺炎疫情防控和疫苗接种工作有关情况。
上海、浙江和江苏三地疫情病例的病毒基因组序列高度同源，为同一起关联疫情。目前，上海疫情总体比较平稳，连续3天没有新增病例；浙江绍兴、宁波、杭州三地疫情发展较为迅速，病例间传播关系相对清晰，主要涉及家庭和人群聚集场所，相关风险区域管控和风险人员排查工作正在进行中。(央视新闻)
此前，浙江、宁波、杭州、南京、宜兴，在通报中均提及和“外省市”有关。
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乌鸦观察
#北京 #海淀 #疫情 #密接 #快递 #流调 #Omicron #物传人 【北京确诊病例溯源公布：不排除经境外物品感染病毒可能】 北京市疾病预防控制中心通报： 一是病例发病前14天内均无外省市旅居史，工作期间偶尔会收发国际邮件。病例于1月13日出现嗓子痒症状，1月14日出现乏力、发热症状，1月15日肺部CT未见新冠肺炎典型表现，综合1月14日、15日、16日病例标本的核酸检测CT值的变化，结合临床表现和检测结果，初步判断病例处于感染的早期阶段。 二是经流行病学调查及大数据比对，…
#北京 #海淀 #疫情 #密接 #快递 #流调 #Omicron #物传人 #科研 #测序
【中疾控周报：北美来的邮件是如何导致本土奥密克戎聚集传播的】
3月，中疾控周报刊登了《2022年1月北京一起可能由国际邮寄文件引起的新冠Omicron新冠变异毒株传播》。论文披露，1月15日，北京一名26岁女性(病例A)因为疲劳和发烧两天，来核酸检测点进行新冠核酸检测，结果呈阳性。当地疾控中心随后对该结果进行了复核。此外，基于qRT-PCR的快速位点突变检测显示：该女性感染的新冠病毒携带Q498R突变，L452R、T478K缺失和P681R突变。这表明该患者感染了新冠病毒Omicron变异毒株。
在接下来的7天内，病例A的5名密切接触者筛查呈阳性，包括她的母亲(病例B)、同事(病例C，也是指示病例)和病例C的三名家庭成员(病例D、E和F)。
北京疾控中心随即进行实地调查以确定感染源。病例A在北方某市高校云集区域生活和工作，没有外出旅行史，也没有与本地或输入的高危人群密切接触。进一步调查显示，该病例因工作需要，会不定期收发国际邮递来的文件。
值得注意的是，该病例于1月11日(发病前2天)收到了一份国际邮寄的文件，该文件于1月7日从海外寄出，到达该市后文件的外包装进行消毒。当地疾控共采集了1054个环境样本，其中22个样本为该病例收到的国际邮件。
qRT-PCR显示22份样本中有12份SARS-CoV-2的ORF1ab/N基因片段检测呈阳性，其中2份取自包装外表面，2份取内包装，另外8份取自内部文件纸上。此外，快速位点突变测试表明所有12个阳性样本都携带Q498R突变，表明这是Omicron变异株。
全部6个病例的呼吸道样本和12个环境样本，包括内包装和病例A未触及的内含纸，共收集到了六个完整的病毒基因组。总体而言，由于病毒载量低，从环境样本中获得了1个全基因组和1个近全长基因组，覆盖率为88.8%。
测序分析得出结论：整个病毒属于BA.1谱系，即Omicron。此外，7个全基因组和1个近全长基因组共享100%的核苷酸相似性。系统发育分析表明，该病毒位于2021年12月中旬在北美和东南亚采集的部分毒株簇附近，与同期中国的局部簇存在显着差异。
中疾控周报称，提出感染源是国际邮寄文件，主要基于以下证据：实地调查显示，除了国际邮寄的文件外，该病例没有潜在的暴露风险，发病间隔为2天。所有发现的病例都与病例A有流行病学联系。环境监测从包装内文件中发现了新冠病毒阳性样本，其中部分页面的阳性样本未被病例A触碰。更重要的是，病例A感染的新冠变异毒株基因组与从邮寄文件中收集的样本相匹配，并与当时中国其他新冠变异毒株不同。(中新社)
【中疾控周报：北美来的邮件是如何导致本土奥密克戎聚集传播的】
3月，中疾控周报刊登了《2022年1月北京一起可能由国际邮寄文件引起的新冠Omicron新冠变异毒株传播》。论文披露，1月15日，北京一名26岁女性(病例A)因为疲劳和发烧两天，来核酸检测点进行新冠核酸检测，结果呈阳性。当地疾控中心随后对该结果进行了复核。此外，基于qRT-PCR的快速位点突变检测显示：该女性感染的新冠病毒携带Q498R突变，L452R、T478K缺失和P681R突变。这表明该患者感染了新冠病毒Omicron变异毒株。
在接下来的7天内，病例A的5名密切接触者筛查呈阳性，包括她的母亲(病例B)、同事(病例C，也是指示病例)和病例C的三名家庭成员(病例D、E和F)。
北京疾控中心随即进行实地调查以确定感染源。病例A在北方某市高校云集区域生活和工作，没有外出旅行史，也没有与本地或输入的高危人群密切接触。进一步调查显示，该病例因工作需要，会不定期收发国际邮递来的文件。
值得注意的是，该病例于1月11日(发病前2天)收到了一份国际邮寄的文件，该文件于1月7日从海外寄出，到达该市后文件的外包装进行消毒。当地疾控共采集了1054个环境样本，其中22个样本为该病例收到的国际邮件。
qRT-PCR显示22份样本中有12份SARS-CoV-2的ORF1ab/N基因片段检测呈阳性，其中2份取自包装外表面，2份取内包装，另外8份取自内部文件纸上。此外，快速位点突变测试表明所有12个阳性样本都携带Q498R突变，表明这是Omicron变异株。
全部6个病例的呼吸道样本和12个环境样本，包括内包装和病例A未触及的内含纸，共收集到了六个完整的病毒基因组。总体而言，由于病毒载量低，从环境样本中获得了1个全基因组和1个近全长基因组，覆盖率为88.8%。
测序分析得出结论：整个病毒属于BA.1谱系，即Omicron。此外，7个全基因组和1个近全长基因组共享100%的核苷酸相似性。系统发育分析表明，该病毒位于2021年12月中旬在北美和东南亚采集的部分毒株簇附近，与同期中国的局部簇存在显着差异。
中疾控周报称，提出感染源是国际邮寄文件，主要基于以下证据：实地调查显示，除了国际邮寄的文件外，该病例没有潜在的暴露风险，发病间隔为2天。所有发现的病例都与病例A有流行病学联系。环境监测从包装内文件中发现了新冠病毒阳性样本，其中部分页面的阳性样本未被病例A触碰。更重要的是，病例A感染的新冠变异毒株基因组与从邮寄文件中收集的样本相匹配，并与当时中国其他新冠变异毒株不同。(中新社)